مقايسه ساختار ژنتيكي گاوميش با گاو هلشتاين با استفاده از تراشه هاي SNP

در این پژوهش با هدف بررسی ساختار ژنتیكی ژنوم گاومیش با گاو هلشتاین از چیپ ۵۰ كی و ۷۷۷ كی گاوی استفاده شد. تعداد ۱۰۸۹ نمونه اسپرم از گاونر هلشتاین ایتالیا و ۳۸۴ نمونه خون از گاومیش های ماده كشور برزیل تهیه و تعیین ژنوتیپ به ترتیب با استفاده از چیپ ۵۰ كی و ۷۷۷ كی شركت ایلو مینا انجام شد. تصحیح داده ها با Plink انجام گرفت و مقدار پیوستگی نامتعادل با دو پارامتر r2 و D محاسبه شد. متوسط MAF در كروموزوم های مختلف هلشتاین بین ۰/۲۰ تا ۰/۲۹ بود و كه از متوسط MAF در گاومیش (۰/۱۴۰/۱۳) بیشتر بود. سطح پیوستگی نامتعادل در هر دو گونه با افزایش فاصله بین ماركرها كاهش یافت. پارامتر T2 در جمعیت گاومیش ها بالاتر از جمعیت هلشتاین بود و اندازه موثر جمعیت در گاومیش نسبت به اندازه موثر جمعیت در هلشتاین كمتر بود، كه نشان دهنده بسته بودن جمعیت و سطح بالای پرورش خویشاوندی در گاومیش بود. بطور كلی نتایج این پژوهش نشان داد كه ساختار ژنتیكی دو گونه شباهت زیادی با یكدیگر دارد، لذا تراشه های SNP كه بیشتر با هدف اصلاح نژاد در گونه گاو طراحی شده اند قابل استفاده در مطالعات ارتباطی و انتخاب ژنومی گاومیش نیز می باشند.