پيش‌بيني بيوانفورماتيك و معرفي برخي از‌microRNAهاي هدف گيرنده‌ي ژن‌هاي Sirt1 و Bcl2 در مدل بيماري پاركينسون

Bioinformatic prediction and introducing of some targeting microRNAs of Sirt1 and Bcl2 genes in model of Parkinson's disease

زمينه و هدف: استرس اكسيداتيو و اختلال كاركرد ميتوكندري كه منجر به مرگ آپوپتوزي در نورون‌ها مي‌گردند، نقش مهمي در پاتوژنز پاركينسون ايفا مي‌كنند. از طرفي، بر هم خوردن تنظيم ‌microRNA‌ها مي‌تواند منجر به بروز بيماري مخرب اعصاب متعددي شود. Sirt1و Bcl2 به ‌عنوان دو ژن كليدي، روندهاي پاتوژن هم چون اختلال كاركرد ميتوكندري، استرس اكسيداتيو و آپوپتوز را در بيماري‌هاي مخرب اعصاب تنظيم مي‌كنند. مواد و روش‌ها: به ‌منظور بررسي نقش‌‌microRNA ها در مدل بيماري پاركينسون، از دو پايگاه داده miRWalk 2.0 وTargetScan (v7) ‌ به‌منظور پيش‌بيني برهم­كنش‌هاي microRNA-هدف استفاده شد. يافته‌ها: اثرات احتمالي microRNA‌هاي مختلف بر ژن‌هاي Bcl2 و Sirt1 در رت آناليز شد. نتايج حاصل از پايگاه‌هاي داده نشان داد كه microRNAهايي چون rno-miR-449a، rno-miR-182،rno-miR-211، rno-miR-34b، rno-miR-34c، rno-miR-448، rno-miR-466b و rno-miR-96 با احتمال بسيار قوي مي‌توانند موجب مهار بيان ژن‌ Bcl2 ‌شوند. هم‌چنينmicroRNA هايي چون rno-miR-181 ، rno-miR-211، rno-miR-27a، rno-miR-449a، rno-miR-34c، rno-miR-30، rno-miR-200a و rno-miR-448 ژن Sirt1 را قوياً مهار مي‌كنند. نتيجه‌گيري: بر اساس يافته‌ها مي‌توان چنين پيش‌بيني نمود كه با توجه به امتياز بالاي microRNA‌‌هاي rno-miR-211، rno-miR-34c، rno-miR-448 وrno-miR-449a دربر همكنش با ژن‌هاي Bcl2 و Sirt1 در پايگاه داده­ هاي‌ مزبور، اينmicroRNA ها احتمالاً مي‌توانند نقش مؤثري درروند بيماري ايفا نمايند. بنابراين اين microRNAها مي‌توانند به ‌عنوان كانديدهاي مناسب جهت بررسي در مدل in vitro بيماري پاركينسون معرفي شوند.

Background: Oxidative Stress and mitochondrial dysfunction leading to apoptotic death of neurons play key role in the pathogenesis of the Parkinson's disease. On the other hand، misregulation of microRNAs can cause several neurodegenerative diseases. Sirt1 and Bcl2 as two key genes, regulate pathogenic processes in neurodegenerative diseases such as mitochondrial dyfunction, oxidative stress and apoptosis. Materials and Methods: To investigate the role of microRNAs in model of Parkinson's disease, miRWalk 2.0 and TargetScan (v7) databases were served to predict microRNA-target interactions. Results: Possible targeting effects of different microRNAs on Bcl2 and Sirt1 genes in Rat organism were analyzed. Merging data from databases has shown that rno-miR-449a, rno-miR-182, rno-miR-211, rno-miR-34b, rno-miR-34c, rno-miR-448, rno-miR-466b and rno-miR-96 with strong possibility can inhibit expression of Bcl2 gene. Also, rno-miR-181, rno-miR-211, rno-miR-27a, rno-miR-449a, rno-miR-34c, rno-miR-30, rno-miR-200a and rno-miR-448can inhibit Sirt1 gene with high possibility. Conclusion: According to the findings, it can be predicted that regarding to high interaction scores of rno-miR-211, rno-miR-34c and rno-miR-448 and 449awith Bcl2 and Sirt1 genes in above-mentioned databases, these microRNAs probably can have critical role in disease process. Thus, these microRNAs can be introduced as appropriate candidates for investigations in in vitro model of Parkinson's disease.