بررسي ساختار و تنوع ژنتيكي روباه معمولي (Vulpes vulpes) در شمال شرق ايران براساس ژن سيتوكروم b

Surveying the structure and genetic diversity of red foxes in the North East of Iran, based on cytochrome b gene

به منظور بررسي ساختار و تنوع ژنتيكي روباه معمولي (Vulpes vulpes) در شمال شرق ايران، 25 نمونه بافت از سه استان (خراسان رضوي، خراسان شمالي و گلستان) جمع آوري شد. پس از استخراج DNA، ژن سيتوكروم b توسط واكنش زنجيره اي پلي مراز، با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي، تكثير و پس از خالص سازي و توالي يابي، قطعه اي به طول 1098 جفت نوكلئوتيد از اين ژن براي هر نمونه ويرايش شد. سپس با تجزيه و تحليل اين قطعه در نمونه ها، جايگاه هاي چندشكلي، تنوع هاپلوتايپي و نوكلئوتيدي، ميزان تفاوت ژنتيكي براساس آماره Fst، گسترش و پراكنش تاريخي جمعيت با سه روش شاخص راجر-هارپندينگ، آزمون تاجيما و آزمون Fu Fs محاسبه شد و درخت فيلوژنتيكي براساس منطق بيزين و هم چنين شبكه هاپلوتايپي با منطق اتصال ميانه رسم شد. نتايج نشان داد كه 13 هاپلوتايپ متفاوت و 22 جايگاه متغير در بين نمونه ها وجود دارد و تنوع هاپلوتايپي برابر با 0/88 است. مقدار آماره p<0/05)Fst) برابر با 0/6382 بود كه با توجه به اين مقدار و نتايج تجزيه و تحليل واريانس مولكولي، جريان ژني قوي بين جمعيت ها وجود نداشته و هر جمعيت تا حدي متمايز از جمعيت هاي ديگر است. درخت فيلوژنتيكي رسم شده بيانگر اين مسئله است كه ساختار ژنتيكي مستقلي براي جمعيت هاي مورد بررسي، قابل تشخيص است و شبكه هاپلوتايپي رسم شده نيز اين نظر را تاييد مي كند. بر همين اساس مي توان گفت تاريخ تكاملي روباه معمولي پيچيده بوده و الگوي پراكنش اين گونه در شمال شرق ايران حاصل يك فرآيند بسيار طولاني است.

To study the genetic structure of red foxes in North East of Iran، 25 tissue samples were collected from three provinces (Razavi Khorasan، North Khorasan and Golestan). After DNA extraction، mitochondrial cyt-b gene was amplified by primers using polymerase chain reaction (PCR); then 1098 base pairs of this gene were edited for each sample after purification and sequencing processes. Then by analyzing of this partial sequence of the samples: polymorphism sites، nucleotide and haplotype diversity، the amount of genetic differentiation (using Fst index)، Demographic history (using Harpending's raggedness index، Tajima and Fu Fs test) were calculated and phylogenetic tree and haplotype network were drawn by Baysian and Median joining logic in order. The results showed that there were 13 different haplotypes and 22 polymorphic sites between the samples and haplotype diversity was equal to 0.88. Fst