تجزيه و تحليل فيلو ژنتيكي گونه‌هاي نوكارديا با استفاده از ژن‌هاي 16s rrna ، hsp65 و gyrb

Phylogenetic Analysis of Nocardia spp. using 16S rRNA, hsp65 and gyrB Genes

نوكارديا يكي از مهم ترين گروه از اكتينومايست هاي هوازي است كه در خاك زندگي مي كند و قادر است به وسيله تنفس و تلقيح تروماتيك به بدن انسان وارد شود و عفونت نوكارديوزيس را به وجود آورد. روش هاي مولكولي يكي از بهترين روش هاي سريع و دقيق براي شناسايي و افتراق اين گروه از باكتري ها مي باشد. هدف از اين مطالعه ارزيابي سه ژن خانه دار در تشخيص و تفريق مهم ترين گونه هاي نوكارديا بود.روش: در اين مطالعه مقطعي، ابتدا توالي ژن هاي 16s rrna، gyrb و hsp65 براي ده گونه نوكاريا از بانك ژني دريافت شد. سپس توالي ها به كمك نرم افزار هاي al16s و jphydit هم رديف شدند، سپس اطلاعات به برنامه mega منتقل شد و در نهايت درخت فيلوژنتيك براساس هر يك از ژن هاي 16s rrna، gyrb و hsp65 به طور جداگانه رسم شد.نتايج: تجزيه و تحليل درخت فيلوژنتيك حاصل از ژن هاي 16s rrna، gyrb و hsp65 نشان داد كه همه اين ژن ها گونه هاي نوكارديا را تشخيص دادند. همچنين ژن gyrb بهترين گزينه براي ترسيم روابط فيلوژنتيك گونه نوكارديا مي باشد.نتيجه گيري:: براساس پژوهش حاضر، براي شناسايي و افتراق صحيح گونه هاي نوكارديا مي بايست چند ژن خانه دار به طور همزمان مطالعه شود.

Introduction: Nocardia is one of the most important aerobic actinomycetes that lives in soil and can enter the human body by inhalation and traumatic inoculation and causes Nocardiosis. Molecular methods are one of the best methods for rapid and accurate identification and differentiation of species of this group of bacteria. The purpose of this study was evaluation of three housekeeping genes in identification and differentiation of most important species of Nocardia. Methods: In this study cross-sectional, first, gene sequences of 16S rRNA, gyrB and hsp65 for ten species of Nocardia were obtained from Genebank (NCBI). Then, those sequences were transferred to MEGA 5.0. Finally, phylogenetic trees based on each of 16S rRNA, gyrB and hsp65 genes were drawn. Results: Phylogenetic trees analysis based on 16S rRNA, gyrB and hsp65 gene sequences indicated that all of these genes could identify and differentiate Nocardia species. Also, it was found that gyrB gene is the best option for drawing the phylogenetic relationships of Nocardia species. Conclusion: According to this research, for accurate identification of Nocardia species, several housekeeping genes should be investigated simultaneously.