استفاده از روش real-time pcr و پروب هاي اختصاصي آلل taqmanبه منظور شناسايي جهش هاي نقطه اي مقاومت به كلاريترومايسين در هليكوباكتر پيلوري

Real-Time PCR Assay Using Allele-Specific TaqMan probe for Detection of Clarithromycin Resistance and Its Point Mutations in Helicobacter Pylori

هليكوباكتر پيلوري يك ارگانيسم مشكل پسند و كند رشدي است كه انجام تست هاي حساسيت آنتي بيوتيكي آن به 10 تا 14 روز زمان نياز دارد. استفاده از روش هاي مولكولي مي تواند جايگزين دقيق و مناسبي براي شناسايي هم زمان جهش هاي نقطه اي مقاومت آنتي بيوتيكي در اين باكتري مي باشد. هدف از اين پژوهش ارزيابي مقاومت به كلاريترومايسين و جهش هاي نقطه اي مرتبط با آن با استفاده از روش real-time pcr مي باشد. روش ها: اين مطالعه به صورت مقطعي-توصيفي بر روي 200 نمونه بيوپسي تهيه شده از بيماران مراجعه كننده به بيمارستان هاجر شهركرد انجام شد. در ابتدا با استفاده از روش هاي اوره آز سريع(rut) و واكنش زنجيره اي پليمراز (pcr) وجود هليكوباكتر پيلوري تشخيص داده شد. در مرحله بعد با استفاده از روش real-time pcr، مقاومت به كلاريترومايسين و جهش هاي نقطه اي مرتبط با آن با استفاده از پروب هاي اختصاصي مورد ارزيابي قرار گرفت. يافته ها: از مجموع نمونه هاي مورد بررسي، در 164 (82%) نمونه هليكوباكتر پيلوري شناسايي گرديد كه 105 (64.2%) نمونه حساس و 59 (35.98%) نمونه آن مقاوم به آنتي بيوتيك كلاريترومايسين بودند. در بين سوش هاي مقاوم شناسايي شده موتاسيون هاي نقطه اي a2144g، a2143g، a2143c و a2142g به ترتيب فراواني 2.44%، 15.85%، 9.15 و 12.19 را داشتند. اما در 5 (8.47%) نمونه مقاوم، هيچ كدام از اين ژنوتيپ ها شناسايي نشد. در بين سويه هاي داراي مقاومت، 38 (23.17%) نمونه تنها داراي يك ژنوتيپ و 16 (9.76%) نمونه داراي مخلوطي از ژنوتيپ ها بودند. نتيجه گيري: نتايج اين پژوهش نشان داد كه تكنيك real-time pcr به صورت مستقيم در نمونه هاي بيوپسي توانايي شناسايي هم زمان هليكوباكتر پيلوري و انواع مقاومت به كلاريترومايسين در كمترين زمان را دارد.

Background: Helicobacter pylori is a fastidious microorganism and therefore standard phenotypic susceptibility tests can take at least 10-14 days. Molecular based diagnostic assays offer an alternative approach to obtain susceptibilities to antibiotics and detection of point mutations with greater accuracy. The aim of this study was the assessment of Clarithromycin resistance and its point mutations by using real-time PCR assay. Methods: This cross-sectional descriptive study was performed on 200 gastric biopsy specimens obtained from patients undergoing upper gastrointestinal endoscopy at Hajar hospital in Shahrekord. Initially Helicobacter pylori were identified by rapid urease test (RUT) and polymerase chain reaction (PCR). Then clarithromycin resistance and its point mutations were evaluated by using specific probes and real-time PCR technique. Findings: Of total samples, 164 (82%) were Helicobacter pylori positive. Overall, a clarithromycin susceptible strains were detected in 105 (64.02%) patients and resistance strains were detected in 59 (35.98%) which were identified as 4 (2.44%) A 2144G, 26 (15.85%) A2143G, 15 (9.15%) A2143C, and 20 (12.19%) A2142G point mutations. Genotype of 5 (8.47%) strains was not detected. Purely resistant strains were detected in 38 (23.17%), while heteroresistant were found in the remaining 16 cases (9.76%). Conclusion: Results showed that real-time PCR assay has high accuracy to simultaneously identify Helicobacter pylori and clarithromycin resistance types directly in gastric biopsy specimens in short time.