بررسي هستان شناسي هاي توسعه يافته مبتني بر اصول هستان شناسي هاي منبع باز زيست پزشكي

A Study on the Ontologies Developed Based on the Principles of Open Biomedical Ontologies Foundry

هستان شناسي ها در زيست پزشكي كار ادغام، مبادله، جستجو و پرسش از داده ها را آسان مي كنند. مخزن هستان شناسي هاي باز زيست پزشكي(مخزن) يك راه كار براي ايجاد هستان شناسي هاي مرجع مي باشد كه در آن طراحي هستان شناسي ها مبتني بر اصولي است كه تعامل آنها را به صورت يك نظام منفرد تبديل نمايد. هدف اين مقاله تعيين وضعيت هستان شناسي هاي توسعه يافته طبق اصول مزبور مي باشد.روش بررسي: اين پيمايش توصيفي-مقطعي در سال 1396 انجام شد. اطلاعات اجزاي اصلي، موضوع، زبان و ابزار ساخت هستان شناسي ها از وب سايت مخزن هستان شناسي باز زيست پزشكي و ontobee (سرور پيش فرض داده هاي پيوندي هستان شناسي هاي مخزن) بازيابي گرديد. فراواني كلاس ها، نمونه ها، روابط شيئي، روابط نوع-داده و روابط ابرداده اي حاشيه نويسي با استفاده از آمار توصيفي، دسته بندي و ارايه گرديد.يافته ها: موضوعات اصلي 151 هستان شناسي موجود آناتومي، سلامت و فنوتيپ بود. بيشترين زبان و ابزار ساخت به ترتيب نسخه هاي obo و obo-edit بودند. 5 درصد هستان شناسي ها بيش از 78977 كلاس، 150 رابطه ي شيئي، 39 رابطه ي نوع-داده، 110 رابطه ي ابرداده اي حاشيه نويسي و 356 نمونه داشتند. نتيجه گيري: افزايش تعداد هستان شناسي هاي مخزن و استفاده ي بيشتر از زبان obo و ابزار obo-edit حاكي از پذيرش توسعه دهندگان هستان شناسي براي استفاده از اين ابزار و زبان براي ساخت هستان شناسي مبتني بر اصول مخزن است.

Background and Aim: Ontologies facilitate data integration, exchange, searching and querying. Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry is a solution for creating reference ontologies. In this foundry, the design of ontologies is based on established principles which allow for their interactions as a single system. The purpose of this study is to determine the main features of ontologies developed based on foundry principles. Materials and Methods: This descriptive cross-sectional study (2017) retrieved data about the ontology components, subject, language and tool from the OBO foundry website, and OntoBee (the default linked data server for the foundry ontologies). The frequency of classes, instances, Object Properties, DataType Properties and Annotation Properties are classified by the use of descriptive statistics. Results: The main subjects of 151 ontologies were Anatomy, health and Phenotype. Most languages and tools were, respectively, OBO and OBO-edit versions used for the development of ontologies. Five percent of ontologies contained more than 78977 classes, 150 object relations, 39 DataType relations, 110 annotation relations, and 356 instances. Conclusion: Increasing the number of ontologies developed based on OBO foundry principles as well as using OBO language and OBO-Edit is indicative of the fact that ontology developers have accepted the principles and tools.