توصيف پروتيين هاي محافظت شده فرضي از Xanthomonas citri subsp. Citri، با فعاليت محرك توليد اتيلن درگياه آرابيدوپسيس

Characterization of Conserved Hypothetical Proteins from Proteome of Xanthomonas citri subsp. citri, with Ethylene Induction Activity on Arabidopsis thaliana

در پژوهش هاي پيشين از بخش خالص شده پروتيوم باكتري Xanthomonas campestris pv.campestris (Xcc) كه قابليت محرك توليد اتيلن در گياه آرابيدوپسيس را داشت، حدود 60 پروتيين مختلف شناسايي شدند كه از بين آنها هشت پروتيين به عنوان پروتيين فرضي محافظت شده بودند. هدف از انجام اين پژوهش توصيف اين پروتيين ها توسط ابزارهاي بيوانفورماتيك مختلف مي باشد. همه پروتيين هاي مورد بررسي داراي جرم مولكولي متوسطي بودند. پروتيين NP_640497.1 با 43/84 كيلودالتون داراي بيشترين جرم مولكولي بود. نقطه ايزوالكتريك (pI) محاسبه شده براي پروتيين ها بين 5/34 تا 9/5 متغيير بود. نوع خانواده هاي پروتييني و دمين هاي پروتيين ها توسط ابزار پايگاه اطلاعاتي دمين هاي محافظت شده CDD-Blast و Interpro تعيين شد. از بين موارد مورد بررسي در پروتيين NP_640912.1 دمين HTH (Helix-turn-Helix)، از بخش مركزي پروتيين NP_640497.1 دمين Enoyl_reductase ، از پروتيين NP_641576.1 دو موتيف متصل شونده به يون كلسيم (EF-hand, calcium binding motif) و در پروتيين NP_643454.1 دمين 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase از بالا خانواده Hot_dog شناسايي شد. سرور COACH براي پيش بيني جايگاه اتصال ليگاند در پروتيين ها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدي آنها توسط سرور Phyre2 مدل سازي شد. نتايج حاصل از اين پژوهش مي تواند در شناخت بهتر باكتري Xcc و همچنين شناسايي پروتيين هايي با خاصيت اليسيتوري از اين باكتري به كار گرفته شوند.