مطالعه in silico خانواده ژني پلي آمين اكسيداز (PAO) در انگور

In silico study of polyamine oxidase (PAO) gene family in grape

پلي آمين اكسيدازها (PAO) آنزيم هاي وابسته به فلاوين آدنين دينوكليوتيد هستند كه در كاتابوليسم پلي آمين ها در پراكسي زوم، آپوپلاست و سيتوپلاسم نقش دارند. گزارش هاي زيادي در زمينه اهميت ژن هاي PAO گياهان در پاسخ به تنش ها ارايه شده است با اين حال مطالعه جامعي در مورد تعداد، روابط تكاملي، ساختار ژني و الگوي بياني ژن هاي PAO در انگور موجود نيست. در مطالعه حاضر با استفاده از روش هاي بيوانفورماتيكي، هشت ژن محتمل PAO (VvPAO1-VvPAO8) در ژنوم انگور 12X شناسايي شد. بر اساس مطالعه فيلوژنتيكي ژن هاي VvPAO به سه گروه تقسيم مي شوند كه هر گروه از نظر جايگاه سلولي و كاركرد اختصاصي است. ژن هاي VvPAO داراي صفر تا 9 اينترون مي باشند و بر روي 6 كروموزوم از 19 كروموزوم انگور قرار گرفته اند. وجود چندين عنصر تنظيمي cis پاسخ به تنش ها و هورمون ها در پيشبر اين ژن ها دلالت بر نقش احتمالي آنها در پاسخ به تنشها دارد. بررسي داده هاي ريزآرايه ژن هاي اورتولوگ PAO انگور در آرابيدوپسيس در شرايط تنش هاي غير زيستي نشان داد كه سطح رونويسي اين ژن ها در پاسخ به تنش هاي غير زيستي افزايش مي يابد كه نشان دهنده نقش اين ژن ها در پاسخ انگور به تنش ها است. نتايج اين مطالعه دادهاي پايه براي پژوهش هاي بيشتر در مورد نقش ژن هاي PAO در انگور را فراهم مي سازد.

Growth, development and productivity of plants are greatly affected by various abiotic stresses. Physiological and molecular studies have shown that naturally occurring plant polyamines (PAs) are involved in conferring abiotic stress tolerance in plants. Polyamine oxidases (PAOs) are FAD-dependent enzymes associated with polyamine catabolism in peroxisomes, the apoplast and the cytoplasm. In plants, increasing evidence supports the idea that PAO genes play essential roles in abiotic and biotic stresses responses. In this study, bioinformatic analysis identified eight putative PAO genes (VvPAO1–VvPAO8) in grape (Vitis vinifera) using the released 12×assemble grape genomic sequences. Phylogenetic analysis indicates that these VvPAOs can be classified into three subgroups as found in Arabidopsis and rice and also reveal that grape PAO proteins are more closely related to Arabidopsis than to those in rice. The VvPAO genes contained zero to nine introns and were distributed across 6 out of the 19 chromosomes in grape. Promoter analysis showed the presence of several cis-regulatory elements related to stress and hormone responses in regulatory regions, indicating their probable role in stress response. Microarray-based expression analysis of VvPAO orthologs in Arabidopsis under abiotic stresses showed that transcript levels of PAO genes were up-regulated significantly by such treatments, indicating their vital roles during stress adaptation. The results obtained provide basic information for future research on the functions of PAO genes in grape.