شناسايي و همسانه سازي ژن داخلي مناسب پنبه در راستاي افزايش كارايي بررسي هاي مولكولي

Identification and Cloning of a Cotton Appropriate Reference Gene for Increasing Efficiency of Molecular Analysis

ژن داخلي مناسب در بررسي كيفيت DNA ژنوم و آناليز محصولات تراريخته از اھميت فراواني برخوردار است. در اين پژوھش، ژن SadI به عنوان يك ژن داخلي بالقوه در پنبه ارزيابي گرديد. ابتدا DNA ژنومي استخراج گرديد و سپس با استفاده از آغازگرھاي اختصاصي طراحي شده با نرم افزار Vector NTI، واكنش PCR انجام گرفت. محصول واكنش PCR دو قطعه 623 و 544 جفت بازي بود. قطعات موردنظر در پلاسميد pTZ57R/T ھمسانه شدند. پلاسميدھاي نوتركيب از طريق PCR كلوني با آغازگرھاي اختصاصي و آغازگرھاي M13 شناسايي شدند و در ادامه توالي يابي صورت گرفت. نتايج توالي يابي نشان داد كه اين دو قطعه مربوط به نسخه ھاي مختلف ژن Sad1 ھستند كه در نسخه اول يك حذف 79 جفت بازي در ناحيه اينترون دوم اتفاق افتاده است. اين تحقيق، اولين گزارش از توالي يابي ژن داخلي پنبه است كه وجود دو نسخه متفاوت ژن Sad1 را نشان مي دھد، و تاييد مي كند كه آن يك ژن داخلي مناسب در مطالعات مختلف است.

The use of an appropriate reference gene for assessment of DNA and genome quality and analysis of transgenic crops is very important. In this research, we have evaluated the SadI gene as a potential reference gene in cotton. First, DNA was extracted, and then a PCR reaction was done using appropriative primers designed for Vector NTI. The PCR products were 623 and 544 bp fragments. The fragments were cloned in pTZ57R/T plasmid. Recombinant plasmids were identified by PCR colony hybridization with appropriative primers and M13 primers and then were sequenced. The sequencing results showed that these two fragments are related to two different copies of the SadI gene that in one of copies a 79 bp deletion had occurred in the second interon. This research is the first report from sequencing of a reference gene showing the presence of two different copies of the SadI gene, and affirming that it is a suitable reference gene for different studies.