شناسايي miRNA ها و ژن هاي هدف مرتبط با آنها در گياه خشخاش ( Papaver somniferum)

Identification of miRNAs and their target genes in Papaver somniferum

miRNA ها يك رده از RNA هاي تنظيم كننده كوچك درون هسته اي و غيركدكننده پروتئيني كه متشكل از حدود 17-22 نوكلئوتيد مي باشند. miRNA ها بيان ژن را پس از رونويسي از طريق تجزيه mRNA يا مهار ترجمه انها كنترل كرده و نقش هاي متنوعي را در فرايند هاي بيولوژيكي و متابوليكي در گياهان و جانوران بازي مي كنند. روش هاي متعددي براي شناسايي miRNA ها موجود مي باشد كه يكي از ساده ترين و كم هزينه ترين انها ، روش شناسايي بيوانفورماتيكي مي باشد. در اين مطالعه با هدف شناسايي miRNA متمايز در گياه خشخاش، مطالعه اي مبتني بر جستجوي همولوژي بين EST هاي گياه خشخاش و miRNA ها انجام گرفت. بطوريكه ابتدا همه توالي هاي EST هاي گياه خشخاش از بانك اطلاعاتي NCBI در برابر miRNA هاي شناخته شده BLASTn شدند و در نهايت هفت miRNA كانديد متمايز در گياه خشخاش شناسايي شد. ژن هاي هدف شناسايي شده با استفاده از نرم افزارهاي مختلف مورد بررسي قرار گرفتند و مشخص گرديد كه miRNA هاي كانديد مرتبط با ژن هاي رمزكننده سرين/ ترئونين كيناز (انتقال سيگنال)، پروتئين هاي PPR (ويرايش و پايداري RNA )، گلوبولين هاي7S ( هيدراسيون و دهيدراسيون سلول)، فتوتروپين ها (پاسخ هاي نورگرايي)، پروتئين هاي سرين/ ترئونين فسفاتاز (متابوليسم گليكوژن) و پروتئين هاي خانواده TIR ( دفاع در برابر باكتريها) مي باشد. اين ژن ها نقش مهمي در رشد و نمو ، متابوليسم ، تعيين مورفولوژي و زمان گلدهي و پاسخ به استرس هاي زنده و غير زنده را بازي مي كنند.

MicroRNAs (miRNAs) are A group of 17_22 nucleotides that derived from its precursor sequence and show an enormous role in various biological and metabolic processes in both animals and plants. There are several ways to identify miRNAs. One of the easiest and cheapest way to identify miRNAs is bioinformatics methods. In this study، a bioinformatics approach was used to identify potential miRNAs in Papaver somniferum. We blasted publicly available EST sequences obtained from NCBI GenBank against previously known plant miRNAs and ultimately distinguished seven potential miRNA in Papaver somniferum. Target genes predicted miRNA are a protein serine / threonine kinase (signal transduction)، PPR protein family (Edit and stability of RNA) and globulins 7 S (hydration and dehydration cells), phototropin (response phototropism), protein of serine / threonine phosphatase (glycogen metabolism), TIR protein family (defense against bacteria). These genes play an important role in growth and development، metabolism، morphology and determine flowering time and response to biotic and abiotic stresses.