آناليز فيلوژنتيك و تعيين الگوي آنتي‌بيوتيكي استرين‌هاي اشريشيا كلي جداشده از سواحل منطقه گناوه

Phylogenetic analysis and antibiotic pattern determination of isolated Escherichia coli from water and Shoreline of Genaveh province

اشرشياكلي متعلق به گروهي از باكتري‌ها به نام گروه كلي فرم هستند كه آن‌ها عضوي از خانواده انتروباكترياسه مي‌باشند. اين باكتري براي سال‌ها به‌عنوان شاخص مدفوعي براي سلامت عمومي در نظر گرفته‌شده است. اشرشياكلي به‌عنوان يك ارگانيسم اصلي در انتشار مقاومت آنتي‌بيوتيكي شناخته‌شده است. بر همين اساس هدف از تحقيق حاضر جداسازي سويه‌هايي از اين باكتري از سواحل بندر گناوه و رسوبات آن است كه به‌وسيله روش كلرمونت ازنظر ژنتيكي طبقه‌بندي گردد و به دنبال آن الگوي آنتي‌بيوتيكي و آنزيمي جدايه ها مورد ارزيابي قرار گيرد. در تحقيق حاضر تعداد 60 نمونه (30 نمونه آب و 30 نمونه رسوبات بندر گناوه) در طول خرداد تا شهريور 1394 جمع‌آوري شد. سپس بيشترين تعداد احتمالي نمونه‌ها ارزيابي گرديد و نمونه‌ها بر روي محيط‌هاي مك كانكي و ائوزين متيلن بلو كشت داده شدند و به كمك رنگ‌آميزي گرم، آزمون كاتالاز و اكسيداز موردشناسايي قرار گرفتند. سپس طبقه‌بندي گروه‌هاي فيلوژنتيك سويه‌هاي اشرشياكلي با استفاده از پرايمر هاي اختصاصي chuA، yjaA و قطعه TSPE4.C2 انجام شد و الگوي آنتي‌بيوتيكي جدايه ها ارزيابي گرديد. از 60 نمونه جمع‌آوري‌شده،6 مورد اشرشياكلي جداسازي گرديد كه 5 نمونه مربوط به آب دريا و 1 مورد مربوط به رسوبات بود. بر اساس نتايج آنتي بيوگرام تمامي جدايه ها به جنتامايسن، سفترياكسون و سفوتاكسيم با ميزان 100 درصد حساس بوده و شايع‌ترين گروهاي فيلوژنتيك شناسايي‌شده D، B2 و A بودند. بر اساس يافته‌هاي اين تحقيق مي‌توان چنين نتيجه گرفت كه مؤثرترين آنتي‌بيوتيك بروي سويه‌هاي اشرشياكلي جداشده از اين منطقه آنتي‌بيوتيك‌هاي سفترياكسون و سفوتاكسيم بود. بنابراين پيشنهاد مي‌گردد در كنار ساير روش‌هاي درماني بهتر است از اين آنتي‌بيوتيك‌ها در درمان عفونت‌هاي ناشي از اشرشياكلي در اين منطقه استفاده شود.

Escherichia coli belong to a group of bacteria called coliform which is member of Entrobacteriacea family. For many years, the bacterium are using as fecal indicator for public health. Escherichia coli are as an important organism which could disseminate antibiotic resistance in water shoreline. Accordingly, the present study tried to isolate the bacterium from Genaveh shoreline and sediments. Then phylogenetically categorized based on Clermont technique and evaluate their antibiotics pattern. For this purpose, 60 samples (30 water and 30 sediment) were collected from water and sediments between April to August 2016. Then the samples were evaluated by MPN technique and for confirmation they were cultivated on MacConkey and Eosin methylene blue agar. After that they were identified using Gram stain, Catalase and oxidase tests. The phylogenetical analysis of E.coli was done using set of primers: ChuA, yjaA, TSPE 4.C2 and antibiotic pattern were assessed using antibiogram test. Out of 60 collected samples, 6 samples were identified as E.coli, 5 from water and 1 from sediments. Based on antibiogram test all of the isolates with 100% were sensitive to Gentamicin, Ceftriaxone and Cefotaxime. The most common phylogenic group was belonging to groups A, B2 and D. Based on elucidated results it could be concluded that the best antibiotic on the isolates were Gentamicin, Ceftriaxone and Cefotaxime. Therefore, suggesting for remedy of gastrointestinal infections caused by Escherichia coli the selected antibiotics could be use along with other techniques in this geographical area