عنوان مقاله :
جدا سازي ژن GH-1 از GH-2 در ماهي سفيد به وسيله توالي يابي و استفاده از آنزيم هاي برشي
عنوان به زبان ديگر :
Discrimination between GH-2 and GH-1 Genes in Rutilus Kutum Using Sequencing and Restriction Enzymes
پديد آورندگان :
برنجكار، نجمه دانشگاه علوم كشاورزي و منابع طبيعي ساري، دانشكده علوم دامي و شيلات، گروه شيلات , خالصي، محمد كاظم دانشگاه علوم كشاورزي و منابع طبيعي ساري، دانشكده علوم دامي و شيلات، گروه شيلات , رحيمي، قدرت دانشگاه علوم كشاورزي و منابع طبيعي ساري، دانشكده علوم دامي و شيلات، گروه علوم دامي , فرهادي، ايوب دانشگاه علوم كشاورزي و منابع طبيعي ساري، دانشكده علوم دامي و شيلات، گروه علوم دامي
كليدواژه :
GH-2 , توالي يابي , آنزيم هاي برشي , ماهي سفيد , GH-1
چكيده فارسي :
در ژنوم ماهيان در اثر فرآيند مضاعف شدن در طول تكامل، دو كپي از هورمون رشد (GH-1 و GH-2) وجود دارند. هدف از پژوهش حاضر جداسازي ژن GH-1 ز GH-2 در ماهي سفيد درياي خزر با استفاده از تكنيك توالي يابي و معرفي آنزيم هاي برشي اختصاصي براي اين دو جايگاه ميباشد. به اين منظور، 5 قطعه ماهي سفيد به طور تصادفي انتخاب و نمونههاي مورد نياز براي استخراج DNA از باله دمي جداسازي شدند. پس از استخراج DNA به روش نمكي بهينه يافته، قطعه هايي به اندازه 333 و 410 جفت باز از ناحيه اگزون 4، اينترون 4 و اگزون 5 ژن GH-1و GH-2 تكثير و پس از خالص سازي از روي ژل توالي يابي شدند. توالي جايگاه GH-1 ماهي سفيد با توالي GH-1 ماهي كپور معمولي بر روي آلل بلند هيچ گونه تفاوتي نشان نداد و 100% با يكديگر هم پوشاني داشتند. اما با توالي GH-1 كپور معمولي بر روي آلل كوتاه در چهار موقعيت 89، 94، 105و 164 جفت بازي تفاوت داشته و درصد هم پوشاني آن ها 99% بود. ميزان هم پوشاني GH-1 با توالي GH-2 ماهي كپور معمولي و GH-2 ماهي سفيد به ترتيب 99% و 86% بود. مقايسه توالي هاي به دست آمده از GH-1 و GH-2 ماهي سفيد با يكديگر نشان داد كه تفاوت عمده اين دو نسخه در طول اينترون 4 است. ساير تفاوتها در جهشهاي يك يا چند نوكلئوتيدي است. علي رغم وجود شباهت زياد در توالي نوكلئوتيدي، تفاوتهاي موجود به عنوان نشانگرهاي ژنتيكي اختصاصي براي جداسازي GH-1 از GH-2كاربرد دارند. با شناسايي و توالي يابي ژن هاي GH-1 و GH-2، توالي هاي به دست آمده را مي توان براي بازسازي روابط فيلوژنتيكي، بررسي دقيق تر شكل هاي مختلف آللي، و ارتباط اين جايگاه ها با صفات مهم اقتصادي در ماهي سفيد درياي خزر به كار برد.
چكيده لاتين :
Fish genome contains two copies of growth hormone (GH-1 and GH-2) as a result of duplication process during evolution. The aim of this study was to distinguish GH-1 from GH-2 genes in Rutilus kutum (Mahi Sefid) from the Caspian Sea using sequencing techniques and application of specific restriction enzymes for these loci. For this purpose, five fish were randomly selected and samples for DNA extraction were isolated from caudal fin clips. The DNA was extracted by salting-out method. Then, fragments of 333 and 410 bp from exon 4, intron 4 and exon 5 of GH-1 and GH-2 genes were amplified and, following purification, sequenced on the gel. GH-1 sequence of R. kutum was not different from that of common carp on the long allele showing 100% overlap with each other. On the short allele, however, they showed differences in GH-1 sequence of carp at four positions namely 89, 94, 105, and 164 bp with an overlap of 99%. The GH-1 overlapped with GH-2 sequences from both common carp and R. kutum as 99% and 86%, respectively. Comparison of the GH-1 and GH-2 sequences derived from R. kutum showed that they mainly differed in Intron 4. Other differences observed were mutations at one or more nucleotides. Despite the high similarity in the nucleotide sequences, the differences detected are applicable as specific genetic markers for the discrimination between GH-1 and GH-2. By identifying and sequencing GH-1 and GH-2 genes, the sequences obtained can be used to reconstruct the phylogenetic relations, study different allelic forms more precisely, and establish relationships between these loci with important economic traits in R. kutum from the Caspian Sea.
