عنوان مقاله :
تاثير دما بر ساختار فاكتور رشد شبه‌انسوليني (IGF-1) و مطالعه‌اي مبتني بر شبيه‌سازي با روش‌هاي ديناميك مولكولي و محاسبات كامپيوتري
عنوان به زبان ديگر :
The effect of temperature on the structure of insulin-like growth factor (IGF-1) and a similar study based on method of molecular dynamics and computational
پديد آورندگان :
صباغ زاده، ريحانه دانشگاه حكيم سبزواري سبزوار - گروه زيست شناسي
كليدواژه :
IGF-1 , AMBER , MM+ , OPLS , MC
چكيده فارسي :
زمينه و هدف: فاكتور رشد شبه انسوليني به طور طبيعي در سيستم عصبي مركزي (CNS) موجود است و نقش مهمي در تكثير و تمايز سلولي در طي رشد و بلوغ مغز دارد. اين فاكتورها به همراه پروتئين‌هاي پيوند به آن‌ها و گيرنده‌هايشان در نواحي آسيب ديده‌ي مغز بيان مي‌شوند كه نقش سيستم IGF ها را در آسيب مغزي نشان مي‌دهد.
شبيه‌سازي مولكولي يك روش محاسباتي مستقيم براي مطالعه‌ي تغييرات ساختماني طيف وسيعي از مسايل فيزيكي و بيولوژيكي مي‌باشد. از نظر محاسباتي، ميدان‌هاي نيروي تجربي اشكال زيادي در شبيه سازي تا خوردن فاكتور رشد شبه انسوليني دارند.
مواد و روش‌ها: در اين مطالعه درجه حرارت انتقال براي IGF-1 مدل شد. سيستم به تعادل رسيد و در مدت 100 پيكو ثانيه براي تحليل با روش مولكولار ديناميك مطالعه شد.
يافته‌ها: بررسي تغييرات انرژي پتانسيل در سه ميدان نيرو مشخص نمود، ميدان نيروي AMBER از ميدان نيروي MM+ و OPLS بهتر مي‌باشد و نيز شبيه‌سازي MD حداقل در اين مدل از روش‌هاي MC و LD اثرپذيري بيشتري دارد.
نتيجه‌گيري: درجه حرارت‌هاي پايين باعث پايداري ساختار مي شود، در صورتي‌كه درجه حرارت‌هاي بالا حالت عكس دارد.
چكيده لاتين :
Introduction: The insulin-like growth factor naturally exists in the
Central Nervous System (CNS) and plays a significant role in
cellular multiplication and differentiation during growth and
maturation of the brain. These factors are expressed with their
bond proteins and their receptors in the damaged areas of the
brain. This indicates the role of IGFs systems in the brain
damage.
Objective: Molecular simulation is a direct computational method
for studying the structural changes of a wide spectrum of physical
and biological issues. Computationally, experimental force fields
have various forms in simulation of folding insulin-like growth
factor.
Materials and Methods: In this study, the transfer temperature
for IGF1 was modulated. The system was balanced and was
studied and analyzed through dynamic molecular method within
500 Pico seconds.
Results: Studying the changes occurred in the potential energy
of the three force fields showed that Amber force field is better
than MM+ and OPLS force field and also MD simulation, at least
in this model, is more effective than MC and LD methods.
Conclusion: Low temperatures make the structure more stable
while high temperatures are on the contrary.
عنوان نشريه :
فصلنامه دانشگاه علوم پزشكي و خدمات بهداشتي درماني سبزوار
عنوان نشريه :
فصلنامه دانشگاه علوم پزشكي و خدمات بهداشتي درماني سبزوار
