شناسايي ژن نورامينيداز ويروس آنفلونزاي پرندگان (H9N2) جدا شده از شيوع اخير بيماري در ايران

Characterization of neuraminidase gene of H9N2 influenza virus isolated from recent outbreaks in Iran

سابقه و هدف: ويروس آنفلونزا باعث بروز بيماري‌هاي با پاتوژنيسيته متفاوت در ميزبان‌ها مي‌شود. ويروس‌هاي آنفلونزاي A بر اساس گليكوپروتئين‌هاي نورامينيداز و هماگلوتينين به تحت تيپ‌هاي مختلفي تقسيم مي‌شوند. ويروس آنفلونزاي پرندگان به طور معمول باعث بيماري در انسان نمي‌شود اما عفونت‌هاي اسپوراديك آن در انسان گزارش شده است. هدف اين مطالعه، شناسايي و تعيين توالي ژن نورامينيداز ويروس آنفلونزاي H9N2 جدا شده از اپيدمي اخير بيماري در ايران، و مقايسه اين ايزوله‌ها با سويه‌هاي ساير كشورها بود. مواد و روش ‌ ها: ايزوله‌هاي ويروسي بر روي تخم‌مرغ‌هاي جنين‌دار پاساژ داده شد و RNA آن‌ها توسط كيت تجاري RNX استخراج گرديد. تكثير ژن نورامينيداز با روش RT-PCR انجام شد. محصول پس از الكتروفورز و خالص‌سازي، سكانس گرديد. يافته ‌ ها: توالي‌هاي نوكلئوتيدي ژن نورامينيداز شش سويه ويروس آنفلونزاي H9N2 جدا شده از نواحي مختلف ايران شناسايي و در پايگاه داده GeneBank به ثبت رسيد. آناليز مقايسه‌اي اين توالي‌ها با توالي نمونه‌هاي رفرانس انجام شد. هيچ نوع جهشي در ناحيه سيتوپلاسمي مشاهده نشد، اما چهار جهش در بخش عبوري از غشا اتفاق افتاده است. كه دو جهش آن از نوع خاموش بوده و دو جهش ديگر به جايگزيني اسيدآمينه آب‌گريز با اسيد آمينه آب‌گريز ديگر منجر شده است. نتيجه ‌ گيري: آناليز توالي نوكلئوتيدي و آمينواسيدي ژن نورامينيداز ويروس آنفلونزاي H9N2 حاصل از ايزوله‌هاي ايران، داراي شباهت زيادي به سويه‌هاي گزارش شده از كشورهاي همسايه همانند پاكستان و عربستان بودند. به‌نظر مي‌رسد آن‌ها داراي منشاء و تبار يكسان هستند.

Introduction: Influenza viruses cause a variety of infections from high to low pathogenicity in hosts. Influenza virus Ais divided into subtypes based on two surface glycoproteins: the hemagglutinin (H) and the neuraminidase (N). Avian flu viruses do not normally infect humans, although, some sporadic human infections have been reported. The aim of this study was to identify and sequence the neuraminidase gene of Avian Influenza (AI) H9N2 virus isolated from recent outbreaks in Iran and comparative analyzing it with strains from other countries. Materials and Methods: Influenza viruses were passaged in embryonated eggs, and RNA extracted by RNX. TM kit. Using RT- PCR technique, cDNA preparation and amplification of N gene were done. The product was then assessed by electrophoresis and observed with UV, purified and sequenced. Results: Neuraminidase gene nucleotide sequence from six isolates from different parts of Iran were identified and recorded at the GenBank. Comparative analysis with reference strains carried out for these sequences. No mutation had been observed in cytoplasmic domain, however, four mutations had been occurred at transmembrane domain, which two of them were silent and two were actually substitution of hydrophobic amino acids with similar ones. Conclusion: Nucleotide and amino acid analysis for the neuraminidase gene of H9N2 influenza virus of isolates obtained from different parts of Iran revealed similarities to other strains described from neighboring countries, such as Pakistan and Saudi Arabia. It seems like that they have common source with the same Lineages.