عنوان مقاله :
آناليز شبكه برهم كنش پروتئين - پروتئين سلول‌هاي فيبروبلاست انساني تيمار شده با الكل اتانول
عنوان به زبان ديگر :
Protein-protein interaction network analysis of human fibroblast cells treated with ethanol
پديد آورندگان :
زمانيان عضدي، مونا دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - دانشكده پيراپزشكي، تهران , رضايي طاويراني، مصطفي دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - مركز تحقيقات پروتئوميكس، تهران , پيوندي، مريم دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - مركز تحقيقات پروتئوميكس، تهران , صفايي، اكرم دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - دانشكده پيراپزشكي، تهران , رضايي طاويراني، مجيد دانشگاه علوم پزشكي ايران - دانشكده پزشكي - ايران، تهران , محبوبي، محمد دانشكده علوم پزشكي آبادان، آبادان , اخوتيان، فرشاد دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - مركز تحقيقات فيزيوتراپي، تهران , صفاخواه، حسينعلي دانشگاه علوم پزشكي سمنان - دانشكده پزشكي - مركز تحقيقات و گروه فيزيولوژي، سمنان
كليدواژه :
اتانول , فيبروبلاست ها , نقشه بر هم كنش پروتئيني , هستي شناسي ژني
چكيده فارسي :
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان مي‌دهد كه اتانول بيان پروتئين‌ها متعددي را در سلول‌هاي فيبروبلاست تغيير مي‌دهد. تعدادي از اين پروتئين‌ها از فاكتورهاي مهم در سرطان‌زايي هستند. بنابراين، آناليز نقش عمل‌كردي و برهم‌كنش اين دسته از پروتئين‌ها به منظور شناسايي مكانيسم‌هاي عمل‌كردي و سرطان‌زايي الكل داراي اهميت است.
مواد و روش‌ها: در اين تحقيق با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و الگوريتم‌هاي وابسته، شبكه برهم‌كنش پروتئيني، شش پروتئين شناسايي شده در پروتئوم سلول‌هاي فيبروبلاست (HFFF2) تيمار شده با الكل اتانول كه تغييرات كاهشي محسوسي داشته‌اند آناليز شد.
يافته‌ها: با توجه به بررسي‌هاي به‌دست آمده شبكه برهم‌كنش پروتئيني به‌دست آمده شامل 756 گره و 1166 اتصال است. نتايج نشان مي‌دهند كه Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 با 528=Degree و 74/0=Betweenness centrality پروتئيني كليدي محسوب مي‌شود و الكل سبب اختلال در بيان آن مي‌شود. هم‌چنين بر اساس مطالعه كمپلكس‌هاي پروتئيني، اين پروتئين حضور بارزي در كمپلكس‌هاي مختلف دارد. از سوي ديگر نتايج آناليز نرم‌افزار DAVID نشان مي‌دهد كه اين پروتئين‌ها در تنظيم بخش عظيمي از فرايندهاي درون سلولي مداخله مي‌نمايد.
نتيجه‌گيري: شش پروتئين‌هايي كه ميزان بيان آن‌ها تحت تاثير الكل تغيير يافته است علاوه بر آن كه مي‌توانند خطر ابتلا به سرطان افزايش دهند، فرايندهاي درون سلولي متنوعي را نيز مختل مي‌كنند كه Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 در اين ميان مهم‌ترين پروتئين است
چكيده لاتين :
Introduction: Studies show that ethanol can induce changes in proteomic profile of human fibroblast cells. Some of these proteins are important in promoting cancer. Thus, analyzing function and interaction networks of these proteins are essential for better understanding the carcinogenesis mechanism of ethanol.
Materials and Methods: In this study the protein-protein interaction network (PPI) of six significant down-regulated proteins in human fibroblast cells (HFFF2) treated with ethanol were analyzed by using Cytoscape software and its algorithms.
Results: PPI network analysis showed that the constructed network consisted of 756 nodes and 1166 edges. Results indicated that Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 with degree = 528 and Betweenness Centrality = 0.74 is a hub protein that ethanol can alter its expression. In addition, module evaluation showed that the hub protein has a key role in different overlapped complexes. On the other hand, annotation studies by using DAVID program indicated that this protein is involved in different important biological processes in the cell.
Conclusion: The six down-regulated proteins treated with ethanol may become carcinogenic and can impose vast alterations in other vital biological processes of the cell. Among them, Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 is the most important one.
