عنوان مقاله :
بررسي شبكه برهم كنش پروتئيني اختلال افسردگي ماژور با استفاده از اطلاعات پروتئوميكي مايع مغزي-نخاعي
عنوان به زبان ديگر :
Protein-protein interaction network analysis of major depression disorder via proteomic approach from cerebrospinal fluid sample
پديد آورندگان :
رضايي طاويراني، مجيد دانشگاه علوم پزشكي ايران - دانشكده پزشكي، تهران , وفايي، رضا دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - مركز تحقيقات پروتئوميكس، تهران , منصوري، وحيد دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - دانشكده پيراپزشكي - مركز تحقيقات پروتئوميكس، تهران , زمانيان عضدي، مونا دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي - دانشكده پيراپزشكي - مركز تحقيقات پروتئوميكس،تهران
كليدواژه :
اختلال افسردگي اساسي , شبكه بر هم كنش پروتئيني , كمپلكس پروتئيني , هستي شناسي ژن
چكيده فارسي :
هدف: با توجه به اين‌كه اختلال افسردگي شايع‌ترين اختلال روحي- رواني در جوامع بشري است، لذا بررسي مولكولي در اين زمينه مي‌تواند درك بهتري از اين اختلال پيچيده فراهم نمايد. در اين تحقيق ارتباط بين پروتئين‌هاي مرتبط با اين بيماري بررسي تا اهميت بيش‌تر برخي از آن‌ها در مكانيسم مولكولي بيماري آشكار شود.
مواد و روش‌ها: اسامي پروتئين‌هاي تغيير بيان يافته مايع مغزي-نخاعي مرتبط با اختلال افسردگي ماژور استخراج و شبكه تعامل پروتئيني 39 پروتئين به كمك نرم‌افزار Cytoscape ترسيم شد. الگوريتم‌هاي وابسته شامل MCODE و ClueGO+CluePedia با استفاده از آناليز هستي‌شناسي ژن، به ترتيب براي شناسايي كمپلكس‌هاي پروتئيني و مسيرهاي زيستي به‌كار گرفته شدند.
يافته‌ها: آناليز شبكه نشان داد كه تغيير بيان 15 پروتئين به عنوان پروتئين‌هاي كليدي نقش مهمي در ابتلا به اين اختلال ايفا مي‌نمايد. شبكه حاوي چهار كمپلكس پروتئيني است و هفت مسير مهم اختلال افسردگي ماژور نيز تعيين شدند.
نتيجه‌گيري: در اين تحقيق پروتئين‌ها، كمپلكس‌ها و مسيرهاي زيستي مهم و مرتبط با اختلال افسردگي ماژور تعيين شدند كه انجام تحقيقات تكميلي مي‌توانند به معرفي اهداف دارويي احتمالي و بيوماركرهاي تشخيصي منجر شوند
چكيده لاتين :
Introduction: As the major depression disorder (MDD) is one of the prevalent psychiatric conditions, molecular characteristic is important to gain a better understanding of its complex nature. In this study, the protein-protein interaction network analysis is carried out in order to have a better understanding the molecular mechanism of MDD.
Materials and Methods: The MDD differentially expressed proteins of cerebral fluid were extracted from the literature. Cytoscape Software was used for the network construction of 39 retrieved proteins. In addition, Cytoscape plug-ins, MCODE and ClueGO+CluePedia identified the protein complexes and biological processes, respectively.
Results: The MDD map centrality analysis identified 15 hub proteins. This network comprises of four protein complexes and seven significant biological processes.
Conclusion: In this study, some of the central proteins, protein complexes, and biological processes related to MDD are introduced. The further investigations can help validating possible drug targets and diagnostic biomarkers.
