شناسايي جايگاه‌هاي چند شكلي مهم بر روي ژن MSH2 در نمونه‌هاي سرطان كلوركتال با استفاده از آناليز نقطه ذوب با وضوح بالا

Identification of Important Polymorphic Sites on MSH2 Gene in Colorectal Cancer Samples Using High Resolution Melting Point Analysis

زمينه و هدف: سرطان كلوركتال(CRC) دومين سرطان شايع در كشورهاي توسعه يافته است. بيشتر از 10 درصد CRC به صورت ارثي مي‌باشد و شامل سندرم لينچ HNPCC وFAP مي‌باشد. ژن MSH2 بر روي كروموزم 2(p21) قرار دارد و از 16 اگزون تشكيل شده است. MSH2 پروتئيني است كه در فرايند ترميمي‌MMR بعد از همانندسازيDNA نقش دارد. پروتئين MSH2 به MSH6 يا MSH3 متصل شده و كمپلكس‌هاي MutSα و MutSβ را تشكيل مي‌دهد كه به ترتيب ناجورجفت‌هاي deletion/insertion كوچك و بزرگ را شناسايي مي‌‌كنند. هدف اصلي اين تحقيق بررسي كارايي و توانايي HRMA در تشخيص جهش­هاي حذفي سه نوكلئوتيدي و تعيين فراواني اين جهش‌ها در حالت هموزيگوس وهتروزيگوس در نمونه‌هاي سرطان روده بزرگ نسبت به گروه كنترل مي‌باشد. روش بررسي: در پژوهش موردـ شاهدي كه در سال 1396ـ 1395 انجام شد، به منظور رديابي جهش حذفي سه نوكلئوتيديGTG در موقعيت اگزون 12 ژن MSH2 از تكنيك HRMA استفاده شد. بدين منظور50 نمونه سرطان كلوركتال به همراه 50 نمونه سالم مورد بررسي قرار گرفت. ابتدا DNA ژنومي ‌از نمونه‌هاي بافت پارافينه سرطاني استخراج شد و سپس با تكنيك HRMA و تعيين توالي يابي مستقيم جهش حذفي سه نوكلئوتيدي GTG مورد بررسي قرار گرفت. كنترل‌هاي به كار گرفته شده شامل توالي 96 جفت بازي در حالت تيپ وحشي و 93 جفت‌بازي در حالت موتانت بود. نسبت مساوي از اين دو براي حالت هتروزيگوس اين جايگاه به كار گرفته شد. در نهايت تعداد نمونه‌هاي به دست آمده در هر گروه در آزمون تجزيه واريانس يك‌طرفه و مقايسه ميانگين LSD مورد مقايسه آماري قرار گرفتند. يافته‌ها: تعداد نمونه­هاي هتروزيگوس براي اين جايگاه در نمونه­هاي سرطان روده بزرگ به طور معني‌داري نسبت به دو گروه هموزيگوس حاوي توالي و هموزيگوس حذف كامل بيشتر بود. در مجموع نتايج اين پژوهش نشان داد كه تكنيك HRMA قابليت تفكيك حذف و الحاق جفت بازها به صورت هموزيگوس و هتروزيگوت را با توجه به اختلاف دماي ذوب(Tm) آنها را دارد نتيجه‌گيري: در مطالعه حاضر با توجه به نتايج به دست آمده فراواني حذف سه نوكلئوتيدي GTG در نمونه‌هاي سرطاني نسبت به افراد سالم به صورت معني‌داري بيشتر بود.

: Colorectal cancer (CRC) is the second most common cancer in developed countries. More than 10% of CRCs are inherited and include HNPCC and FAP ligation syndrome. The MSH2 gene is located on chromosome 2 (p21) and consists of 16 exons. MSH2 is a protein that plays a role in restorative MMR after DNA replication. The MSH2 protein is attached to MSH6 or MSH3 and forms MutSα and MutSβ complexes that identify small and large deletion / insertion abnormalities, respectively. The main objective of the present research was to evaluate HRMA's ability and effectiveness in detecting tri-nucleotide deletion mutations and determine the frequency of these mutations in homozygous and heterozygous states in colon cancer samples compared to control group. Methods: In the present study, a case control was carried out in 2016-2017 to detect the mutations of the three nucleotide deletions of GTG in the position of exon 12 of MSH2 gene. For this purpose, 50 samples of colorectal cancer with 50 healthy samples were studied. At first, genomic DNA was extracted from paraffin tissue samples and then examined by HRMA technique and direct sequencing of the triple nucleotide deletion mutant GTG. The controls used included a sequence of 96 bat games in wild type and 93 bp in the mutant mode. Equal portions of these two were used for the heterozygous state of this site. Finally, the number of samples in each group was compared in one way ANOVA and LSD mean comparison. Results: The number of heterozygous samples for the site in colon cancer samples was significantly higher than that of homozygous consecutive homozygos. In general, the results of the present study indicated that the HRMA technique had the ability to separate and remove the pairs of homozygos and heterozygotes according to their melting temperature (Tm) Conclusion: According to the results of this study, the frequency of removal of the three nucleotide GTGs in cancerous samples was significantly higher than healthy ones.