شناسايي مولكولي سودوموناس استوتزري به روش duplex-PCR

Molecular detection of Pseudomonas stutzeri by duplex-PCR technique

زمينه و هدف: روش duplex-PCR يك روش زيست شناسي با كاربرد گسترده است كه قابليت شناسايي اختصاصي و با حساسيت بالاي ميكروارگانيسم‌ها را داراست. اين مطالعه به منظور شناسايي مولكولي سودوموناس استوتزري (Pseudomonas stutzeri) به روش duplex-PCR انجام شد. روش بررسي: در اين مطالعه توصيفي آزمايشگاهي باكتري Pseudomonas stutzeri ATCC 17588 از مركز ذخاير ژنتيك تهيه و پس از كشت، DNA در فاز لگاريتمي رشد به روش جوشاندن استخراج گرديد. سپس با استفاده از روش duplex-PCR مبادرت به شناسايي اختصاصي اين باكتري گرديد. پرايمرهاي موردنظر با استفاده از ژن‌هاي catA و nirP طراحي شد. بررسي حساسيت و اختصاصيت واكنش duplex-PCR با استفاده از 5 باكتري انجام شد. يافته‌ها: نتايج حاصل، تكثير دو باند bp 512 و bp 249 را به ترتيب براي ژن catA و nirP نشان داد. نتايج بررسي اختصاصيت 100درصد تعيين شد و حساسيت 0.048 ng/mL از DNA ژنومي را براي هر دو ژن catA و nirP نشان داد. نتيجه‌گيري: روش مولكولي duplex-PCR باتوجه به داشتن حساسيت و ويژگي مناسب و قابليت شناسايي بالاي باكتري سودوموناس استوتزري مي‌تواند به عنوان يك روش روتين در آزمايشگاه‌هاي مجهز توسط افراد متخصص براي شناسايي موارد مشكوك مورد استفاده قرارگيرد.

Background and Objective: Duplex PCR is a widespread molecular biology technique that has the ability in specific and high sensitivity detection of microorganisms. This study was performed to evaluate the molecular identification of Pseudomonas stutzeri using duplex PCR. Methods: In this descriptive-laboratory study, Pseudomonas stutzeri ATCC 17588 bacteria was purchased from genetic resources center and after culturing the bacteria, DNA was extracted in the exponential growth phase using boiling method. Duplex PCR was carried out for specific identification of the bacteria subsequently. The primers were designed using catA and nirP gene sequences. Sensitivity and specificity of duplex PCR technique were investigated using 5 bacteria. Results: The amplification of two bands of 512 bp and 249 bp for catA and nirP genes were observed, respectively. The specificity was 100% .The sensitivity of 0.048 ng/μL of genomic DNA was determined for catA and nirP genes, respectively. Conclusion: Duplex-PCR molecular method with its sensitivity and proper feature and high potential for identification of Pseudomonas bacteria can be applied as a routine method in well-equipped laboratories by expert technician to identify suspicious cases.