مقايسه روش بهينه‌شده استخراج DNA از كپك‌هاي آسپرژيلوس، پني سيليوم و رايزوپوس در رب گوجه‌فرنگي

Comparison of optimized DNA extraction from mold Aspergillus, Penicillium and Rhizopus of tomato paste

در اين تحقيق از روش بهينه ­سازي شده استخراج DNA براي استخراج DNA آسپرژيلوس نايجر، پني­سيليوم كريزوژنوم و رايزوپوس اوريزا از رب گوجه­ فرنگي استفاده شد. روش مذكور مطابق با روش معرفي شده السامرايي بود كه تغييراتي در غلظت محلول­هاي بافر استخراج و بعضي مراحل آن داده شد تا روش بهينه­سازي شود. اسپور كپك­ هاي مورد نظر در مقادير مختلف (101، 103، 105 CFU/gr) به رب گوجه فرنگي اضافه شد و پس از رشد و ايجاد ميسيلوم كپك استخراج DNA انجام شد. DNA هاي استخراج شده از نقطه نظر كميت و كيفيت DNA استخراج شده با استفاده از روش اسپكتروفتومتري با دستگاه نانودراپ مورد بررسي قرار گرفتند. همچنين با استفاده از الكتروفورز ژل DNA استخراج شده از لحاظ عدم مشاهده هاله و نبود آلودگي پروتئيني مورد بررسي قرار گرفتند. جهت بررسي وجود ممانعت كننده هاي PCR در نمونه هاي DNA استخراج شده عمليات PCR با استفاده از پراي مرهاي پيش ­رونده و پس ­رونده طراحي شده انجام شد. نتايج نانودراپ و الكتروفورز ژل DNA و نتايج PCR مويد اين مطلب است كه اين روش براي استخراج DNA اين كپك ها از رب گوجه فرنگي مناسب مي-باشد.

In this study, the optimized method for DNA extraction from Aspergillus niger, Rhizopus oryzae and Penicillium chrysogenom in tomato paste were used. These methods are presented in accordance with the Al-Samarai That changes in the concentration of extraction buffer and some stages it were given to the optimization method. Mold spores of at different levels (101, 103 and 105 CFU/g) were added to the tomato paste. After mycelium growth DNA extraction was perfomed by this methods. This method in terms of quality and quantity of DNA extracted was studied using spectrophotometer with NanoDrop. The extracted DNA using gel electrophoresis for protein contamination and absence of smear were evaluated. In order to investigate The contamination and no presecnce of PCR inhibitors determined with PCR that performed forward and reverse primers. Results of gel electrophoresis and PCR assay showed that This method is suitable for DNA extraction is the mold of tomato paste.