شناسايي چندشكلي در اگزون دوم ژن GDF9 در گوسفندان خالص و آميخته پاكستاني

Detection of Polymorphism in Exon 2 of GDF9 gene in Pure and Crossbred of Pakistani Sheep

ژن GDF9 از مهم ترين ژن هاي موثر بر چندقلوزايي گوسفندان مي باشد. لذا، هدف از انجام اين تحقيق شناسايي چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي موجود در اگزون دوم ژن GDF9در گوسفندان خالص و آميخته پاكستاني به روش PCR-SSCP بود. به اين منظور، نمونه هاي خون از 30 راس گوسفند پاكستاني، 17 راس گوسفند آميخته پاكستاني و لري بختياري و 7 راس گوسفند آميخته پاكستاني و كرماني تهيه و استخراج DNA به روش نمكي بهينه انجام شد. با استفاده از يك جفت پرايمر اختصاصي يك قطعه 634 جفت بازي با كمك واكنش زنجيره اي پليمراز تكثير شد. پس از تعيين چند شكلي فضايي تك رشته اي محصولات PCR، الگوهاي باندي مربوط به ژن GDF9 روي ژل پلي اكريل آميد 8 درصد رنگ آميزي شده با نيترات نقره مشاهده شد. در مجموع در سه جمعيت مورد مطالعه، چهار الگوي باندي 1، 2، 3 و 4 با فراواني هاي 0/093، 0/129، 0/371 و 0/407 بدست آمد. نتايج توالي يابي منجر به شناسايي سه جهش در موقعيت هاي نوكلئوتيد 443، 477 و 721 ژن GDF9 در جمعيت هاي مورد مطالعه گرديد.

GDF9 gene is one of the most important effective factors on litter size in sheep. Thus, the aim of the present study was to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) available in exon 2 of GDF9 gene in pure and crossbred of Pakistani sheep using PCR-SSCP. Hence, blood samples were collected from 30 Pakistani sheep, 17 crossbred sheep (Pakistani rams × Lori- Bakhtiari) and 7 crossbred sheep (Pakistani rams × Kermani ewes) and genomic DNA was extracted using salting-out method. A 634 bp fragment was amplified using one specific primer pairs using polymerase chain reaction. After single stranded conformation polymorphism (SSCP) of PCR products, band patterns of GDF9 gene were observed on 8% polyacrylamide gel stained with silver-nitrate method. In total, 4 banding patterns 1, 2, 3 and 4 were obtained with frequencies of 0.193, 0.129, 0.371 & 0.407, respectively. The sequencing results were led to identification of 3 mutations in 443, 477 and 721 nucleotide situations of GDF9 gene in the studied populations