تعيين ژن‌هاي خانه‌دار مناسب براي مطالعه تغيير بيان ژن‌ها به روش Real- Time PCR در گياه حرا (Avicennia marina) تحت تيمار نفتي

Determination of suitable housekeeping genes for normalization of quantitative real time PCR analysis of Avicennia marina under crude oil treatment

مطالعه بيان ژن ها مي تواند اطلاعات مهمي از سازوكار ها و راهبردهاي فيزيولوژيكي كه توسط گياهان در شرايط تنشي رخ مي دهد را روشن نمايد. انتخاب ژن هاي كنترل داخلي مناسب براي تعيين سطوح بيان ژن ها بسيار مهم و ضروري است. تاكنون براي گياه مانگرو Avicennia marina مطالعه اي در ارتباط با معرفي ژن هاي مرجع مناسب براي نرمال سازي داده هاي RT-qPCR گزارش نشده است. در اين مطالعه پايداري بيان چهار ژن مرجع اكتين 2 (ACT2)، زيرواحد A3 سرين/ترئونين فسفاتاز 2A(PP2AA3)، TIP-Like، پلي يوبي كوئيتين 10 (UBQ)، در برگ و ريشه گياه حرا در غلظت هاي مختف نفت مورد بررسي قرار گرفت. سه نرم افزار (Best Keeper، NormFinder و gNorm) براي آناليز رتبه بندي ژن ها مورد استفاده قرار گرفت. نتايج نشان داد كه ژن ACT يك ژن مرجع مناسب براي گياه حرا تحت تيمار نفتي است اما استفاده از دو يا سه ژن براي دست يافتن به دقت بالاتر پيشنهاد شد. شناسايي ژن هاي مرجع در نمونه هاي بيشتر و تحت شرايط تنشي متنوع تر در آزمايش هاي آتي به ويژه در تنش هاي مشابه پيشنهاد شده است.

Gene expression studies could provide insight into the physiological mechanisms and strategies used by plants under stress conditions. Selection of suitable internal control gene(s) is essential to accurately assess gene expression levels. For the mangrove plant, Avicennia marina, reliable reference genes to normalize real-time quantitative PCR data has not been previously investigated. In this study, the expression stabilities of four candidate reference genes [Actin 2 (ACT2), Serine/threonine-protein phosphatase 2A subunit A3 (PP2AA3),TIP-Like (TIP), polyubiquitin 10 (UBQ)] were determined in leaves and roots of A. marina treated by different levels of oils contamination . Three software programs (Bestkeeper, NormFinder and geNorm) were employed to analyze and rank the tested genes. Results showed that ACT2 was the most suitable reference gene in A. marina and the combination of two or three genes was recommended for greater accuracy. Identification of A. marina reference genes in a wide range of experimental samples will provide a useful reference in future gene expression studies in this species, particularly involving similar stresses.