ارزيابي توالي رونوشت گياه دارويي زيره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq

زيره سبز (Cuminum cyminum L.) گياهي گلدار از خانواده چتريان (Apiaceae) است كه بومي مناطق شرق مديترانه تا هند مي باشد. به رغم اهميت دارويي فراوان زيره سبز، اطلاعات بسيار اندكي از ژنوم و مكانيسم هاي بيوشيميايي تركيبات موجود در اين گياه وجود دارد. در مطالعه حاضر جهت ارزيابي توالي رونوشت زيره سبز، از اندام گل (به دليل تجمع بالاي تركيبات آلدئيدي و محل اصلي بيوسنتز آن)، جهت استخراج RNA از چهار نمونه و انجام آناليز هاي RNA-Seq استفاده شد. در نهايت، بيش از 153 ميليون خوانش به طول 50 باز از توالي يابي اين نمونه ها حاصل شد. سرهم بندي خوانش ها به منظور ايجاد رونوشت هاي بيان شده توسط نرم افزار Trinity (نسخه 3 . 1 . 1) و با مقادير kmer 25 و 32 انجام شد. بهترين سرهم بندي بر اساس كامل بودن توالي رونوشت ها با استفاده از نرم افزار BUSCO (نسخه 3) شناسايي شد. بعد از سرهم بندي خوانش ها 50973 توالي ژن (كانتيگ) با ميانگين طول 725 باز و مقدار N50 برابر با 1136 باز به دست آمد. همچنين از اين تعداد ژن، 53103 رونوشت شناسايي شد. از اين تعداد، 35860 رونوشت داراي حداقل يك همولوگ در بانك اطلاعاتي Nr بودند. بيش از 66/7 درصد رونوشت ها حداقل داراي يك همولوگ در بانك اطلاعاتي GO (فرآيند هاي بيولوژيك، عملكرد هاي مولكولي و اجزاء سلولي) بودند. بيشتر ژن هاي شناسايي شده مرتبط با تنظيم رونويسي و فعاليت هاي غشايي بودند. در مطالعه حاضر نخستين پروفايل توالي رونوشت در گياه زيره گزارش شد كه مي تواند در مطالعات بعدي به منظور شناسايي ژن هاي دخيل در مسير بيوسنتزي تركيبات ثانويه مختلف و ديگر مطالعات ژنتيكي در اين گياه مورد استفاده قرار گيرد.