شناسايي SNPها در نواحي اگزوني ژن‌هاي اوژنول O-متيل ترنسفراز و چاويكول O-متيل ترنسفراز در گياه ريحان

به منظور شناسايي تنوع‌هاي تك نوكلئوتيدي Single nucleotide polymorphism)) در ژن‌هاي اوژنول O-متيل ترنسفراز (EOMT) و چاويكول O-متيل ترنسفراز (CVOMT) در توده‌هاي مختلف ريحان از نشانگرهاي CAPS (Cleaved amplified polymorphic sequences) و توالي‌يابي استفاده شد. قطعاتي با اندازه 571 و 908 جفت باز از نواحي كد كننده اين دو ژن‌ تكثير و با آنزيم‌‌هاي برشي Pst1 و MseI هضم شد. آنزيم Pst1 در ژن EOMT دو قطعه با اندازه‌هاي480 و 91 جفت باز و در ژن CVOMT قطعاتي با اندازه‌هاي 621 و 287 جفت باز توليد مي كند. برش قطعات تكثيري هر دو ژن با آنزيم Pst1 الگوهاي مشابهي در 80 فرد توليد كرد. آنزيم MseI در اين دو ژن به ترتيب قطعاتي با اندازه‌هاي 59، 135 و 377 جفت باز و 275، 302 و 331 جفت باز توليد مي كند. برش قطعات تكثير شده هر دو ژن با اين آنزيم در افراد مورد مطالعه الگوهاي برشي متنوعي توليد كرد. از هر نوع الگوي برشي يك نمونه انتخاب و توالي‌يابي شد. توالي‌ها با استفاده از نرم افزار Clustal Omega هم رديف و SNP‌ها در هر كدام از ژن ها شناسايي شدند. نتايج همرديفي نشان داد جهش هاي همجنس T - C و A - G در ژن EOMT مشاهده مي شود ولي جهش هاي ناهمجنس در اين ژن مشاهده نشد. در ژن CVOMT تبديل بازهاي A - G، T - C، A - C و A - T شناسايي گرديد كه بيشترين جهش مربوط به تبديل بازهاي A - G بود. به‌طوركلي نتايج اين تحقيق نشان داد كه چندشكلي در نواحي اگزوني ژن‌هاي مورد مطالعه كم بوده و نواحي كد كننده اين ژنها در طول تكامل ريحان محفوظ بوده است.