تجزيه و تحليل پروفايل بيان ايزو فرم‌هاي ژن‌هاي مرتبط با باقيمانده خوراك مصرف‌شده در كبد مرغ بومي اصفهان و مرغ سويه راس با استفاده از داده‌هاي RNASeq

باقيمانده خوراك مصرف‌شده (RFI) تفاوت بين مقدار واقعي خوراك مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام مي‌باشد. انتخاب براي بهبود بازده خوراك دام از طريق RFI به دليل استقلال فنوتيپي آن از وزن متابوليكي بدن و افزايش وزن بدن پيشنهاد شده است. جهت كشف ارتباط بين ساختار بيان ژن‌ها و ايزو فرم‌هاي مرتبط با آن‌ها و همچنين نقش تنظيمي آن‌ها در باقيمانده خوراك مصرف‌شده در مرغ، پروفايل ترانسكريپت‌هاي كبد در سن 42 روزگي در دو گروه مرغان بومي اصفهان و مرغان سويه راس مورد بررسي قرار گرفت. باقيمانده خوراك مصرف‌شده جوجه‌هاي بومي اصفهان و سويه راس به‌ترتيب(+13.430±5.393 g/day) amp;nbsp;و(11.212±4.435g/day) amp;nbsp;بود. آناليز تفرقي بيان با استفاده از بسته نرم‌افزاري Cuffdiff (v2.2.1) براي بيش از 45070 ايزو فرم مربوط به 19003 ژن انجام شد. طبقه‌بندي ايزو فرم‌هاي بر اساس نتايج Cuffcompare تعداد 16121 ايزو فرم در مرغ بومي اصفهان كاهش بيان نشان دادند و 28949 ايزو فرم افزايش بيان نشان دادند. از كل ايزو فرم‌هاي شناسايي‌شده 21081 ايزو فرم جديد بودند. 206 ايزو فرم تغيير بيان يافته بين مرغ سويه راس و مرغ بومي اصفهان شناسايي شد. از بين اين ايزو فرم‌ها، در مرغ بومي اصفهان نسبت به مرغ سويه راس، تعداد 126 ايزو فرم مربوط به 99 ژن كاهش و 80 ايزو فرم مربوط به 55 ژن، افزايش بيان نشان دادند. نتايج تجزيه ‌و تحليل عملكردي ژن‌ها نشان داد ايزو فرم‌هاي كاهش بيان يافته‌ي گونه بومي عمدتاً در فرآيندهاي زيستي مختلف ازجمله واكنش‌دهي به استرس، پاسخ به تركيب حاوي اكسيژن، واكنش‌دهي به چربي، توسعه ارگان‌هاي حيوان، واكنش‌دهي به مواد مغذي، واكنش‌دهي به سيتوكين‌ها، پاسخ به سطوح تغذيه، فرآيند بيوسنتز مولكول‌هاي تكي، فرآيندهاي بيوسنتز چربي‌ها و فرآيندهاي تنظيم ارگانيزم‌هاي چندگانه نقش داشتند. شناسايي ژن‌هاي اختلاف بيان يافته و ايزو فرم‌هاي آن‌ها بين جوجه‌هاي دو نژاد منجر به شناسايي ژن‌هاي كانديد مهم براي برنامه‌هاي به‌نژادي، ازجمله RSAD2، IL15، EGR1 و DUSP16 شد. اين ژن‌ها مي‌توانند با باقيمانده بالاتر نژاد بومي مرتبط باشند.