كارايي نشانگر مولكولي SCoT در بررسي تمايز دو گونه‌ Lolium perenne و Lolium multiflorum

چچم يكي از گياهان مهم علوفه اي در مناطق سردسيري جهان مي باشد و در شرايط مختلف آب و هوايي رشد مي كند. تنوع ژنتيكي دو گونه  بين نه ژنوتيپ از Lolium perenne و نه ژنوتيپ از Lolium multiflorum با استفاده از 15 نشانگر مولكولي SCoT بررسي شد. آغازگر هاي ScoT در مجموع 86 باند توليد كردند كه از اين تعداد 12 باند يك‎شكل مشاهده شد و ساير باندها چند‎شكل بودند. آغازگرهاي SC35، SC36 و SC26 به‎ترتيب با 9 و 8 باند بيشترين تعداد باند و آغازگرهاي SC10 و SC44 با 2 و 3 باند كمترين تعداد باند را نشان دادند. بيشترين ميزان محتواي اطلاعات چند‎شكلي (PIC) مربوط به آغازگرهاي SC5، SC40، SC35، SC63، SC13، SC44، SC26، SC21 و SC10 بود. به‌طوري‌كه بيشترين ميزان شاخص قدرت تفكيك (RP)، شاخص نشانگري (MI) و نسبت چندگانه مؤثر (EMR) را آغازگرهاي SC35 و SC26 داشتند. تشابه ژنتيكي ژنوتيپ‏هاي مورد بررسي با استفاده از ضريب تشابه جاكارد از 0.35 تا 0.91 متغير بود و ميانگين تشابه بين ژنوتيپ‏ها برابر 0.64 بود. بر اساس تجزيه خوشه‎اي ژنوتيپ ها در 2 گروه قرار گرفتند، به‎طوري‌كه گونه ها به‎صورت صد در صد از يكديگر تفكيك شدند. اين نتايج با نتايج حاصل از تجزيه به مختصات اصلي (PCoA) تأييد شد. تجزيه واريانس مولكولي (AMOVA) بر اساس گونه هاي يكساله و چند ساله نشان داد كه تنوع در درون گونه ها برابر 51% و در بين گونه ها برابر 49% بود. بر اساس شاخص هاي هتروژنتيكي مورد انتظار (He) و شاخص شانون (I) بيشترين تنوع درون گونه اي و تنوع ژني مربوط به گونه L. Multiflorum بود.