بررسي بيان ژن و شبكه هاي ژني مرتبط با آپوپتوزيس در مرغان حساس و مقاوم به آسيت والدين جوجه گوشتي آرين با استفاده از RNAseq

برنامه‌هاي به­گزيني روي لاين آرين، بدون توجه به توسعه اندام‌هاي حياتي بدن، از جمله قلب سبب شده كه اين لاين به يكي از لاين‌هاي بسيار حساس نسبت به سندروم آسيت شناخته شود. از اين­رو، اين مطالعه با هدف شناسايي ژن‌ها و شبكه‌هاي ژني درگير با آپوپتوزيس قلبي در سلول‌هاي بافت قلب مرغان حساس و مقاوم به آسيت لاين آرين انجام شد. بدين منظور، دو نمونه حساس و دو نمونه مقاوم استخراج RNA و اطلاعات ترانسكريپتومي آنها با استفاده از توالي‌يابي نسل جديد RNASeq بدست آمد. تعيين كيفيت داده و حذف آلودگي آن با استفاده از نرم­افزارهاي FastQC و Trimmomatic صورت گرفت. همچنين تفريق بيان ژن با استفاده از نرم‌افزارهاي Cuffmerge، Cufflink و Cuffdiff امكان­پذير شد. 20034 ژن در مجموع نمونه‌ها مشاهده شدند كه بعد از جداسازي ژن­هاي با ميزان بيان معني­دار نمونه­هاي مقاوم نسبت به حساس، در مجموع 291 ژن با 66 مسير زيستي مرتبط دانسته شدند، كه در اين ميان، 53 ژن در مسير زيستي آپوپتوزيس ارتباط معني­دار داشتند. بررسي فرآيندهاي زيستي هستي­شناسي ژن‌هاي معني­دار در نمونه­هاي مقاوم به آسيت براي مسير زيستي آپوپتوزيس نشان دادند كه مسيرهاي تنظيم فرآيند سلولي و تنظيم منفي آپوپتوزيس به طور معني­داري تحت تاثير آسيت قرار دارند (01/0 FDR). شبكه ژني ترسيم شده نشان داد كه ژن­هاي MEF2A، FGF10، CDK1 و MAD2L1 داراي بيشترين ارتباط ژني در شبكه ژني هستند. بنابراين اصلاح نژاد مبتني بر اين ژن­ها و طراحي دارو ممكن است در كنترل آپوپتوزيس ناشي از سندروم آسيت موثر باشد.