بررسي اثر متقابل ژنوتيپ و محيط با جانهي داده ژنومي شبيه سازي شده با استفاده از مدل هاي حيواني مختلف

هدف از اين تحقيق ارزيابي مدل هاي تكصفتي و چندصفتي در سناريوهاي مختلف ژنومي با در نظر گرفتن جانهي جهت برآورد صحت پيش بيني ژنومي و تشخيص وجود اثر متقابل ژنوتيپ و محيط (G × E) بود. داده‌هاي ژنومي با تعداد متفاوت جايگاه هاي صفات كمي (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پيوستگي (كم و زياد =LD ) براي تراكم K50 شبيه‌سازي شدند. سپس به‌طور تصادفي 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد اين نشانگرها از طريق نرم‌افزار Flmpute (نسخه 2.2) جانهي شدند. ميانگين صحت جانهي در سناريوهاي با LD زياد و كم به‌ترتيب 0.976 و 0.943 بود. در همه سناريوهاي شبيه‌سازي‌شده تفاوت جزئي بين صحت ژنومي داده‌هاي اصلي و جانهي مشاهده شد. صحت ژنومي با كاهش سطح LD، وراثت پذيري و همبستگي ژنتيكي بين صفات كاهش يافت. استفاده از مدل چندصفتي نسبت به مدل تك صفتي باعث افزايش صحت ژنومي شد. سطح LD و همبستگي ژنتيكي بين محيط هاي مختلف، در صورت وجود اثر متقابل محيط و ژنوتيپ نقش مهمي را ايفا كردند. لحاظ كردن اثر متقابل ژنوتيپ و محيط و تأثير آن بر افزايش صحت ژنومي از يك طرف و جانهي تراشه‌هاي با تراكم كم به تراكم زياد (خصوصاً در سناريوهاي با LD بالا) جهت كاهش هزينه‌هاي ژنومي از طرف ديگر، مي‌تواند راه حل مناسب و كاربردي جهت بهبود انتخاب ژنومي باشد.