مطالعه‌ عدم تعادل پيوستگي و شناسايي ساختار بلوك‌هاي هاپلوتيپي در گاوهاي سرابي

اين مطالعه به منظور محاسبه الگوي عدم تعادل پيوستگي و تعيين ساختار بلوك‌هاي هاپلوتيپي براي 93 رأس گاو نژاد سرابي با استفاده از اطلاعات نشانگرهاي SNP حاصل از CHIP 40k SNP شركت ايلومينا انجام شد. بعد از تعيين ژنوتيپ و كنترل كيفيت داده‌هاي ژنومي، 27386 SNP روي كروموزوم‌هاي اتوزومي جهت آناليز هاي بعدي مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پيوستگي با استفاده از دو آماره r2 و ’D اندازه‌گيري شد. در اين مطالعه ميانگين r2 و ’D براي جفت SNP‌ها در دامنه كمتر از 2.5 كيلو جفت باز به ترتيب با مقادير 0.505 و 0.927 حداكثر و ميانگين r2 و ’D براي جفت SNP‌ها در دامنه Mb52 به ترتيب با مقادير 0.064، 0.486 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابي 582 بلوك هاپلوتيپي مشاهده شد. درصد پوشش SNP‌ها در بلوك‌هاي هاپلوتيپي از كل SNP ها 6.73 درصد بود كه 0.83 درصد (21.43 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومي توسط اين بلوك‌هاي هاپلوتيپي پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعيت در طي چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد كم بلوك‌هاي هاپلوتيپي و همچنين LD پايين به‌دست آمده در جمعيت گاو سرابي نشان دهنده تنوع بالا در اين جمعيت است. با توجه به نتايج و تعداد بلوك‌هاي هاپلوتيپي در اين نژاد، در نظر گرفتن بلوك‌هاي هاپلوتيپي براي انتخاب ژنومي باعث بهبود نتايج و افزايش دقت مي شود لذا توصيه مي‌گردد در راستاي مطالعات ژنوميكي به جاي استفاده از تك نشانگرها از بلوك‌هاي هاپلوتيپي استفاده شود