شناسايي LncRNAهاي مرتبط با رشد عضله سينه مرغ بوسيله روش RNAseq

هدف از اين آزمايش بررسي و شناسايي RNAهاي غيررمزكننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسكلتي مرغ بومي اصفهان و جوجه تجاري راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه‌ عضله سينه در سن 28 روزگي، توالي‌يابي جفتي با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. براي هم­ترازي خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلي، از نرم­افزار Hisat2 و جهت سرهم‌بندي رونوشت­ها از بسته نرم­افزاري Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسايي شد كه از اين تعداد 925 ژن و رونوشت بين­ژني (اينترژني) و 172 ژن و رونوشت اينتروني بودند. همچنين تعداد LncRNAهاي جديد شناسايي­شده در دو گروه بين­ژني و اينتروني به‌ترتيب 432 و 128 بود. آناليز بيان افتراقي ژن منجر به شناسايي 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بيان معنا‌دار بين دو گروه شد. بررسي جايگاه‌هاي ژني lncRNAهاي با تفاوت معنا‌دار، نشان داد كه اين ژن­ها در مجاورت 45 ژن رمزكننده پروتئيني قرار دارند. از اين تعداد بيان پنج ژن رمزكننده پروتئيني (ژن SCD در جوجه تجاري و ژن‌هاي GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومي) كه روند بيان آنها هم­سو با بيان lncRNAهاي هم‌جوارشان بود بين دو نژاد تفاوت معنا‌دار داشتند. بررسي عملكردي اين ژن­ها نشان داد  كه همگي در رشد عضله اسكلتي مؤثر هستند.  نتايج حاصل از اين پژوهش  نشان داد، lncRNAهاي شناسايي‌شده، احتمالاً پتانسيل تنظيم ژن­هاي درگير در رشد عضله اسكلتي را داشته و مي­توانند بخشي از تفاوت در سرعت رشد مشاهده‌شده بين دو نژاد مرغ مورد بررسي را توجيه نمايند.