شناسايي مولكولي و تعيين جايگاه تبارزايي ويروس چروكيدگي توت فرنگي (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگي استان كردستان بر اساس بخشي از ژن پليمراز

چكيده علايم چروكيدگي و بدفرم شدن برگ در تعدادي از بوته هاي توت فرنگي در مزارع توت فرنگي استان كردستان مشاهده گرديد. با بررسي علايم اين نمونه ها احتمال داده شد كه اين علايم مربوط به آلودگي نمونه ها به ويروس چروكيدگي توت فرنگي (Strawberry crinkle virus, SCV) باشد و براي اطمينان با آزمون RTPCR بررسي شدند. در كل، تعداد 55 نمونه ي برگي (داراي علايم و بدون علايم) طي تابستان 1396 از مناطق مختلف استان كردستان جمع آوري و RNA كل با روش سيليكا استخراج گرديد و سپس cDNA آن ها با استفاده از آغازگرهاي تصادفي شش تايي ساخته شد. PCR با آغازگرهاي اختصاصي SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعه اي به طول 345 جفت باز از ژن پليمراز SCV تكثير گرديد. نتايج RTPCR نشان داد كه 9/ 50 درصد از نمونه ها آلوده به ويروس SCV بودند. به منظور بررسي مشخصات مولكولي و تبارزايي اين ويروس، هفت جدايه بر اساس منطقه ي جغرافيايي، رقم ميزبان و نوع علايم انتخاب شده و تعيين توالي شدند. جدايه هاي SCV توالي يابي شده در اين تحقيق به صورت يك زيرگروه مجزا در گروه تبارزايي اول قرار گرفتند. ميانگين فاصله ي ژنتيكي در بين جدايه هاي توالي يابي شده در اين تحقيق در سطح نوكلئوتيدي 005/ 0 ± 031/ 0 و با ساير جدايه هاي موجود در ژن بانك 014/ 0 ± 069/ 0 بود. مقايسه ي دوبه دوي توالي هاي نوكلئوتيدي نشان داد كه بيشترين و كمترين تشابه نوكلئوتيدي به ترتيب ميان جدايه SAr6 با جدايه 4MM از آرژانتين (1/ 95 درصد) و جدايه S26 با جدايه HBA1 از هلند (5/ 86 درصد) وجود داشت.اين اولين گزارش از شناسايي اين ويروس در مزارع توت فرنگي استان كردستان و اولين گزارش از رديابي مولكولي اين ويروس در ايران مي باشد.