تنوع ژنتيكي و تجزيه و تحليل فيلوژنتيكي جدايه‌هاي ويروس موزاييك ايراني ذرت براساس پراكنش جغرافيايي، ميزبان و نوع علائم

Genetic diversity and phylogenetic analysis of Maize Iranian mosaic virus isolates based on geographical distribution, host and type of symptoms

ويروس موزاييك ايراني ذرت يك گونه منحصر به فرد در جنس نوكلئورابدوويروس مي باشد. تنوع ژنتيكي جدايه هاي مختلف ويروس موزاييك ايراني ذرت جمع آوري شده از مناطق جغرافيايي مختلف ايران و از ميزبان هاي مختلف ويروس با علايم متفاوت در سال هاي 1394 و 1395 مورد بررسي و مطالعه قرار گرفت. توالي مربوط به ژن هاي نوكلئوكپسيد، گليكوپروتيين و يك قطعه با اندازه 500 جفت باز از ژن پلي مراز و نواحي غير كد شونده بين ژن ها تعيين شد. تنوع ژنتيكي در نواحي ژن هاي نوكلئوكپسيد و گليكو پروتيين به ميزان 1/3 در صد و در ژن پلي مراز 0/8 درصد بود. تنوع ژنتيكي در نواحي غيركد كننده بيشتر از نواحي ژني بود كه در ناحيه بين ژن فسفو پروتيين و ژن 3 به بيش از 14% مي رسيد. در تجزيه و تحليل هاي فيلوژنتيكي جدايه ها، ارتباطي بين گروه بندي فيلوژنتيكي و منطقه جغرافيايي، دامنه ميزباني و نوع علايم ويروسي ديده نشد. نسبت جانشيني هاي نامترادف به مترادف كمتر از يك بود كه بيانگر وجود فشار انتخاب منفي بر روي ژن هاي مورد مطالعه بود. با توجه به اين كه ذرت يك گياه وارداتي به ايران است و كشت آن در سال هاي اخير توسعه يافته است به نظر مي رسد ويروس موزاييك ايراني ذرت از علف هاي هرز و يا ميزبان هاي زراعي به ذرت منتقل شده است. احتمالا وابستگي شديد ويروس موزاييك ايراني ذرت به زنجرك ناقل به عنوان تنها راه انتقال شناخته شده براي ويروس، مي تواند دليل پايين بودن تنوع ژنتيكي ويروس باشد. تنوع ژنتيكي پايين در ويروس موزاييك ايراني ذرت، مي تواند به عنوان ابزاري مفيد، جهت توليد واريته هايي با مقاومت پايدار استفاده شود.

Maize Iranian mosaic virus (MIMV) is a distinct member of the genus Nucleorhabdovirus. The genetic diversity of maize Iranian mosaic virus (MIMV) isolates collected from different geographical regions of Iran, different hosts and different symptoms was determined during 2015-2016. Selection pressure analyses were also performed. Sequences of the nucleocapsid protein, glycoprotein, and a 500 bp fragment of polymerase genes and non-coding regions were determined. Genetic diversity in coding regions was less than 1.3 % in nucleocapsid protein and glycoprotein genes and 1 % in polymerase gene. The diversity in non-coding sequences was higher compared to ORFs especially between P and ORF 3 (up to 14.7 %). In phylogenetic analysis no correlation was found between MIMV isolates and geographical regions, type of symptoms and host differences. The ratio of non-synonymous to synonymous polymorphic sites indicated purifying selection has acted upon the analyzed genes. Likely, the dependence of MIMV on planthoppers for spreading can explain its low diversity. The information on the low genetic diversity of MIMV will be helpful in selection of maize cultivars with durable resistance