بررسي تنوع و تبارزايي جدايه‌هاي ويروس موزائيك خيار در ايران

Genetic diversity and Phylogenetic analyses of cucumber mosaic virus strains in Iran

ويروس موزاييك خيار(Cucumber mosaic virus; CMV) عضو جنس Cucumovirus از خانواده Bromoviridae است. اين ويروس در مقايسه به ديگر ويروسهاي گياهي داراي وسيع ترين دامنه ميزباني بوده و در ايران از مناطق مختلف گزارش شده است. در اين مطالعه تنوع ژنتيكي جدايه‌هاي ايراني اين ويروس بر اساس ترادف همه ژنها بررسي و با ترادفهاي همتا در جدايه‌هاي كشورهاي ديگر مقايسه شده است. در اين مطالعه ترادف كامل ژنوم دوجدايه از CMV از كدو (SqSh) و خربزه (MeEs) از استان‌هاي فارس و اصفهان گزارش شد. بررسي تبارزائي با هر سه آر ان اي و نيز با هر كدام از پنج ژن روي ژنوم CMV نيز نشان از قرابت بسيار نزديك دو جدايه ي مذكور داشت. بررسي ترادفهاي نوكلئوتيدي موجود نشان داد كه اكثر جدايه‌هاي ايراني كه تاكنون تعيين ترادف شده‌اند به زيرگروه IA متعلق بودند هرچند براساس آر ان اي‌هاي 2 و 3 همگي يك نياي مشترك نداشتند. بر اساس نتايج اين مطالعه تصور مي شود كه رخداد نوجوري (Reassortment) از نوع IA-IA-IB در ايجاد تنوع ژنتيكي جدايه‌هاي ايراني نقش داشته باشد. ژن 1a كمترين تنوع و CP بيشترين تنوع را در جدايه‌هاي ايراني زيرگروه I نشان دادند. احتمالا مهاجرت در فواصل دور و نيز نزديك نقشي در تكامل و ساختار ژنتيكي CMV در جدايه‌هاي ايراني داشته است.

Cucumber mosaic virus (CMV) belongs to the genus Cucumovirus of the family Bromoviridae. Compared to other plant viruses, it has the broadest host range, and is reported from different regions of Iran. In the present study, the genetic diversity of Iranian CMV isolates was estimated through the sequence analysis of all the CMV genes and compared to those in other countries. To this purpose we report the genome sequence of two CMV strains isolated from squash (SqSh) and melon (MeEs) in Shiraz and Esfahan. The two isolates were closely related based on the analysis of all gene sequences. Phylogenetic analysis revealed that most of the Iranian CMV isolates belonged to the subgroup IA, however, they did not share a most recent common ancestor based on RNAs 2 and 3. The reassortment type of IA-IA-IB was fount to have played a very important role in the evolution and genetic diversity of CMV population in Iran. 1a and CP ORFs had the lowest and highest genetic diversity among Iranian CMV population of the subgroup I, respectively. We suggested that migration in long and short distances have played a role in evolution and genetic structure of CMV strains in Iran.