بررسي ساختار بلوك‌هاي هاپلوتيپي و پويش ژنومي صفت افزايش وزن بدن در كروموزوم-هاي آتوزومال گوسفند نژاد زندي با استفاده از مدل هاپلوتايپ

Study of haplotype blocks structure and haplotype based genome scan in autosomal chromosomes to body weight gain trait in Zandi sheep breed

زمينه مطالعاتي: افزايش وزن روزانه از مهمترين سنجه­هاي تعيين كننده سود اقتصادي در پرورش گوسفند است. آگاهي از ويژگي­هاي عدم تعادل پيوستگي (LD) و ساختار بلوك­هاي هاپلوتيپي در مطالعات پويش ژنوم و انتخاب ژنومي معيارهاي كليدي مي­باشند. هدف: اين تحقيق به منظور مطالعه گستره LD، ساختار بلوك هاپلوتيپي و ارتباط ژنومي هاپلوتيپي گوسفند براي شناسايي مناطق ژنومي مؤثر بر صفات افزايش وزن روزانه قبل (AGW) و بعد از شيرگيري (PWG) در گوسفند زندي اجرا شد. روش كار: از 96 رأس گوسفند زندي نمونه خون تهيه شد و با استفاده از آرايه­هاي SNPChip 50 K شركت ايلومينا تعيين ژنوتيپ شدند. پس از مراحل كنترل كيفي، در نهايت 40879 نشانگر SNP مربوط به 94 حيوان آناليز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r2 بين تمام جفت جايگاه­ها از طريق نرم افزار PLINK و بلوك­هاي هاپلوتيپي بوسيله نرم افزار Haploview براي هر كروموزوم محاسبه شدند. پس از شناسايي اثرات ثابت معني­دار (سال تولد و تيپ تولد)، مطالعه پويش ژنومي در نرم افزار PLINK ارزيابي و براي كنترل نرخ اشتباه از تصحيح بنفروني استفاده شد. نتايج: در اين مطالعه گستره مفيد عدم تعادل پيوستگي در 40K برابر با 2/0 r2= برآورد شد. 58/7 درصد از كل SNPها درون بلوك­هاي هاپلوتيپي و 45/1 درصد از ژنوم اتوزومي توسط بلوك­ها پوشش داده شد. با انجام آناليزهاي پويش ژنومي، در مجموع چهار جايگاه هاپلوتيپي روي كروموزوم­هاي 3، 5، 6 و 7 شناسايي شد، به طوري كه، ارتباط معني­داري بين هاپلوتيپ­هاي كروموزوم 5، 6 و 7 با صفت AWG و توجيه 43/3 درصد از واريانس صفت و هاپلوتيپ كروموزوم­ 3 با PWG و توجيه 52/1 درصد از واريانس صفت به دست آمد. نتيجه گيري نهايي: ژن‌هاي كانديداي شناسايي شده حاصل از آناليزهاي هاپلوتيپي عملكرد مولكولي مرتبط با صفات رشد داشتند كه قابل استفاده بودن اين يافته­ ها در ارزيابي­ها، سبب تسريع در پيشرفت ژنتيكي افزايش وزن خواهد شد.