تجزيه و تحليل مولكولي جمعيتي از مرغ لاري با استفاده از توالي ناحيه HVR-I ژنوم ميتوكندري

Molecular Analysis of LARI chicken population based on HVR-I region of Mitochondrial DNA

مرغ‌هاي بومي ايراني مواد ژنتيكي پايه براي برنامه هاي اصلاح نژاد محسوب ميشوند. انجام برنامه‌هاي اصلاح نژادي در گام نخست نيازمند شناسايي و حفظ تنوع ژنتيكي اين جمعيت هاست. بررسي ژنوم ميتوكندري در يك نژاد و مقايسه آن با ساير نژادها ميتواند شاخص مناسبي از ميزان تنوع موجود در جمعيت مورد بررسي را ارائه دهد. در مطالعه حاضر، به منظور ارزيابي تنوع ژنتيكي مرغان لاري ايران، تعداد 23 قطعه مرغ از منطقه لارستان فارس به‌عنوان نمونه آزمايشي انتخاب و پس از عمل خون‌گيري، استخراج دي‌ان‌اي انجام شد. بخش HVR-I ناحيه D-loop ژنوم ميتوكندري با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي تكثير و قطعات تكثير شده پس از خالص سازي توالي يابي شدند. در كل تعداد 21 توالي با كيفيت بدست آمد كه از اين ميان تعداد 5SNP شناسايي شد. از تجزيه و تحليل توالي‌هاي بدست آمده تعداد 3 هاپلوتيپ بدست آمد كه با كد دسترسي KF957610و KF957611 وkF957612 در بانك جهاني ژن ثبت گرديد. پس از اخذ توالي‌هاي مشابه ژنوم ميتوكندري ديگر نژادهاي موجود در بانك ژن و مرغ مرندي و مازندراني ايران درخت فيلوژني مربوطه رسم گرديد. نتايج فيلوژني مشخص كرد كه مرغان بومي لاري ايران به احتمال زياد واجد برخي شباهت‌هاي ژنتيكي با مرغ مرندي، مازندراني، مرغ بومي كشور آذربايجان، پليموت راك پرخط‌دار، مرغ ابريشمي و مرغ جنگلي خاكستري مي‌باشد.

Iranian native chickens are considered as the basic genetic material for breeding programs. Breeding programs principally require identification and conservation of genetic diversity of these populations. Assessment of mitochondrial genome in one breed and comparing it with other breeds can give a good indicator of diversity in that population. In order to assess the genetic diversity among Iranian Lari chickens, 23 chickens were selected from Larestan County in Fars Province as the sample of the study. Then, DNA was extracted after blood sampling. The HVR-I section of D-loop region of mitochondrial genome was amplified using specific primers and then the amplified fragments were sequenced after purification. A total of 21 high quality sequences was obtained, among which 5SNPs were identified. Three haplotypes were found from the analysis of the obtained sequences. They were recorded in GenBank under access codes of KF957610, KF957611, and kF957612. Similar mitochondrial genome sequences of other breeds existing in GenBank and Iranian Marandi and Mazandarani chickens were obtained and then the corresponding phylogenic tree was drawn. Phylogenic results indicated that Iranian Lari chickens are more similar to Marandi and Mazandarani, Azerbaijan native, barred Plymouth Rock, and Silky and Sonerati chicken breeds. Then it can be concluded that Iranian Lari native chickens breed may have genetic similarities with these breed.