شناسايي گونه‌هاي لاكتوباسيل مزوفيل موجود در روده ماهيان سفيد (Rutilus kutum Kamensky, 1901) درياي خزر با تست تأييدي PCR

Identification of mesophilic lactobacillus species in the intestine of Rutilus kutum fish in Caspian Sea with PCR test

لاكتوباسيل­ها گونه ­هاي باكتري گرم مثبت، بدون اسپور، كاتالاز منفي ميله ­اي مي‌باشند كه داراي نقش اكولوژيكي مهمي در دستگاه گوارش مي­باشند كه شامل توليد مواد ضد­ميكروبي، افزايش پاسخ سيستم ايمني و افزايش قابليت دسترسي مواد مغذي است. جهت شناسايي لاكتوباسيل­هاي موجود در روده ماهيان سفيد اقدام به صيد تعداد 40 قطعه ماهي به‌صورت تصادفي از درياي خزر گرديد. سپس نمونه­ ها تحت شرايط استريل و در مجاورت يخ به آزمايشگاه ميكروب­شناسي دانشكده دامپزشكي دانشگاه آزاد واحد تبريز منتقل و بعد از بررسي فنوتيپيكي و بيوشيميايي، 10 نمونه لاكتوباسيل موردنظر براي تشخيص گونه‌ها بر اساس ساختار مولكولي ژن16srDNA ، اقدام به استخراج DNA و شناسايي لاكتوباسيل­ها با پرايمر اختصاصي نموده و سپس به‌منظور شناسايي اوليه گونه ­ها از آنزيم برشي Taq1 استفاده گرديد. سپس 3 نمونه متفاوت به‌منظور تشخيص قطعي جهت توالي يابي ارسال گرديد. نتايج توالي يابي حاكي از تشابه 99-97% توالي­هاي موردنظر با توالي­هاي ژن‌هاي 16srDNA ثبت‌شده در بانك اطلاعاتي براي گونه لاكتوباسيلوس فرمنتوم بود و تنها يك نمونه تشابه 89% با گونه لاكتوباسيلوس فرمنتوم (Lactobacillus Fermentum) داشت كه نمونه موردنظر براي توالي يابي به‌صورت پارشيال فرستاده شد و بعد توالي يابي با شماره ژن JQ906262 تحت عنوان Lactobacillus sp. RU1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence در سايت ncbi ثبت شد.

Lactobacilli strains are Gram-positive, non-spore, catalase-negative rods bacteria that have an important ecological role in the digestive tract including Production of antimicrobial substances, Enhance the immune response and Increase nutrient availability. To identify lactobacilli in the gut of Rutilus frisii kutum fish, 40 fish were randomly catch from the Caspian Sea. The samples under sterile conditions and ice transferred to microbiology in Tabriz Branch Islamic Azad university and After phenotypic and biochemical test, Lactobacillus samples to make a diagnosis based on the molecular structure of the gene for srDNA 16, DNA extracted and take action to identify lactobacilli with specific primers and Then for the early identification of species, Taq1 restriction enzymes were used. Then three different samples for sequencing were sent for diagnosis. The results of sequencing showed that 99-97% sequence similarity to the gene sequence database for the species Lactobacillus fermentum SrDNA 16 recorded. Just one example of the similarity of 89% of the species Lactobacillus fermentum the sample for sequencing as partial was sent. After sequencing the gene number JQ906262 as Lactobacillus sp. RU1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence was recorded on ncbi.