بـررسي تنـوع ژنتيـكي ماركـر rs2278961 در ناحيه ژنـي COLQ به عنـوان يـك ماركر گويـا در مطالعه مولكولي بيماري نشانگان مياستني مادرزادي در جمعيت اصفهان

Analysis of Genetic Variation of rs2278961 Marker in COLQ Gene as an Informative Marker for Molecular Diagnosis of Congenital Myasthenic Syndrome in the Isfahan population

زمينه و هدف: نشانگان مياستني مادرزادي (CMS) يك بيماري هتروژني است كه به سه نوع پيش‌سيناپسي، سيناپسي و پس‌سيناپسي تقسيم مي‌شود. نشانگان مياستني مادرزادي نوع سيناپسي به دليل جهش‌هاي مغلوب در ژن COLQ رخ مي‌دهد. روش ايده‌ال براي تشخيص مولكولي اين بيماري آناليز مستقيم جهش‌هاي ژني است كه بسـيار وقت‌گير و پرهزينه مي‌باشـد، بنابراين از روش‌هاي جايگزين به عنوان مثال بررسـي پيوسـتگي با اسـتفاده از ماركرهاي چند شـكلي ازجمله چندشـكلي‌هاي تك نوكلئوتيدي (SNP) مي‌توان استفاده كرد. مواد و روش‌ها: در اين مطالعه ابتدا ازطريق بررسي‌هاي بيوانفورماتيكي ماركر rs2278961 واقع در ناحيه UTR'3 ژن COLQ انتخاب شد. بعد از انتخاب ماركر، طراحي پرايمر انجام شد و در نهايت ماركر rs2278961 در جمعيت اصفهان ازطريق تكنيك ARMS PCR تعيين ژنوتيپ شد و با استفاده از اطلاعات حاصل از تعيين ژنوتيپ، درجه هتروزيگوسيتي و فراواني آللي آن به كمك پايگاه Genepop محاسبه گرديد. درنهايت از نرم‌افـزار PIC Calculator بـراي تخميـن مقدار Polymorphism Information Content اسـتفاده شـد. يافته‌ها: با توجه به نتايج حاصل از پايگاه‌هاي Genepop و PIC Calculator، فراواني آلل مغلوب A (MAF)، درجه هتروزيگوسيتي و مقدار PIC به ترتيب 0/539، 0/61842105 و 0/3735 تخمين زده شد. نتيجه‌گيري: از آن‌جايي كه MAF>0/2 و PIC نزديك به 0/375 از معيارهاي لازم جهت يك ماركر كارامد مي‌باشند، بنابراين rs2278961 با دارا بودن شرايط ذكر شده، مي‌تواند به عنوان ماركر مناسب جهت تشخيص مولكولي بيماري CMS در جمعيت ايراني پيشنهاد گردد.

Background: Congenital myasthenic syndromes (CMS) recognized as heterogeneous disorders arising from presynaptic, synaptic, or postsynaptic defects. Congenital myasthenic syndrome due to defects in synaptic activity of the acetylcholinesterase enzyme (AChE) is caused by recessive mutations in the COLQ gene. Ideal method for molecular diagnosis of this disease is direct analysis of the gene mutations, which is expensive and time consuming. Therefore, alternative methods such as linkage analysis using polymorphic markers including single nucleotide polymorphism (SNP) is suggested. Materials and Methods: In this study, using bioinformatic analysis, rs2278961 marker located on 3'UTR of COLQ gene was selected which contains 2 alleles G and A. rs2278961 marker was genotyped in the Isfahan population by ARMS PCR technique, using specific primers. Degree of heterozygosity and allelic frequencies were calculated by Genepop software. Finally, the amount of polymorphism information content (PIC) was computed by PIC Calculator software. Results: According to the results of Genepop and PIC Calculator, the frequency of recessive allele A (MAF), the degree of heterozygosity and the PIC were estimated 0.539, 0.61842105 and 0.3735, respectively. Conclusion: Since the MAF>0.2 and PIC close to 0.375 are the criteria for an efficient marker, rs2278961 having mentioned conditions, therefore it could be suggested as an appropriate markers for diagnosis of CMS disease in Iranian population.