بررسي تنوع ژنتيكي در ژن‌هاي خانواده DNMT در گاو‌هاي نژاد هلشتاين با تكنيك

PCR-SSCP Analysis of Genetic Variation in DNMT Gene Family in Holstein Cattle

ژن‌هاي خانواده DNA متيل­ترانسفراز (DNMTs) بواسطه نقش كليدي در شكل‌گيري و ابقاء الگوهاي اپي‌ژنتيكي، اهميت بالايي در كنترل تكوين و رشد و نمو جنيني از مرحله لقاح تا دوران پس از تولد دارند. مطالعه حاضر به­ منظور شناسايي جهش‌هاي بالقوه در اگزون 33 ژن DNMT-1، اينترون 4 ژن DNMT-3a و اينترون 3 ژن DNMT-3b و ارتباط آن‌ها با وزن تولد در گاو‌هاي نژاد هلشتاين صورت گرفت. خون گيري به­طور تصادفي از تعداد 60 رأس گاو هلشتاين داراي ركورد وزن تولد تا بلوغ از يك گاوداري صنعتي در استان كرمان انجام شد. استخراج نمونه‌هاي DNA با استفاده از روش فنل­كلروفرم انجام گرفت و جايگاه‌هاي هدف با استفاده از پرايمر‌هاي اختصاصي توسط واكنش‌هاي زنجيره‌اي پليمراز (PCR) تكثير شدند. به­ منظور رديابي چند‌شكلي در توالي‌هاي هدف از تكنيك چند‌شكلي ساختار فضايي رشته‌هاي منفرد (SSCP) و رنگ­آميزي با نيترات­نقره استفاده شد. نتايج اين مطالعه حاكي از عدم وقوع جهش در تمامي جايگاه‌هاي مورد مطالعه بود، بطوري كه در تمام نمونه‌هاي مورد بررسي، بر اساس اندازه قطعه مورد بررسي، الگوي باندي يكساني شناسائي شد. عدم شناسائي وجود چند‌شكلي در نواحي مورد بررسي، احتمالاً ممكن است به­دلايلي نظير ناكارآمدي نسبي تكنيك PCR-SSCP در شناسائي جهش‌ها، كوچك­بودن اندازه نمونه‌هاي مورد بررسي، پيامدهاي تصادفي ناشي از رانش ژني و يا تاثير انتخاب مصنوعي و يا طبيعي بر عليه وقوع جهش در نواحي مزبور باشد. بنابراين، نواحي ژني مورد بررسي در اين تحقيق به­عنوان نشانگر مولكولي براي ارزيابي صفت وزن تولد در گاو‌هاي هلشتاين فاقد كارائي هستند.

Due to their roles in regulating embryonic growth and development members of DNA Methyltransferases (DNMTs) family have been shown to play fundamental parts in embryonic fertilization to postnatal life; through regulating the establishment and/or maintenance of specific epigenetic marks. The present study was conducted to identify potential reported mutations within the exon 33 of DNMT-1, introns 4 of DNMT-3a and introns 3 DNMT-3a genes and their relationship with birth weight in Iranian Holstein cows. A total of 60 blood samples from Holstein dairy cattle with records of weight from birth to adult age were randomly collected from industrial dairy cattle farm located in Kerman province. Genomic DNA samples was extracted using Phenol-Chloroform method and target sequence was amplified with PCR using specific primers. Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism (PCR-SSCP) and silver nitrate staining methods was used for screening potential mutation in target sequences. According to results of this study, in all cases, no mutation in target sequence were identified as all samples had the same specific SSCP pattern with respect to their size. The lack of polymorphism may imply that these region may be attributable to a relative inefficiency of PCR-SSCP for mutation detection, small sample size, stochastic effects of genetic drift and/or conserved nature of these genes due to either natural or artificial selection. According to the results of this study, analyzed sequence may not be informative as molecular marker for birth weight in Holstein cattle.