تنوع هاپلوتايپي QTL مرتبط با تحمل به خشكي روي كروموزوم شماره 2 برنج

Haplotype Diversity For QTL Associated with Drought tolerance on Chromosome 2 of Rice

به منظور بررسي تنوع هاپلوتايپي QTLهاي كنترل‌كننده تحمل به خشكي در گياهچه‌هاي 22 ژنوتيپ برنج، آزمايشي به صورت فاكتوريل در قالب طرح بلوك كامل تصادفي با سه تكرار و در محيط كنترل شده تحت شرايط نرمال (بدون تنش) و تنش خشكي انجام گرفت. 16 جفت نشانگر ريزماهواره مرتبط با تحمل به خشكي استفاده گرديد. صفات مورد مطالعه شامل قطر ريشه، وزن خشك ريشه، تعداد ريشه، وزن خشك ساقه، طول ساقه، طول ريشه، كد ژنوتيپي و بيوماس كل بود. تجزيه واريانس صفات مورد بررسي نشان داد تفاوت بسيار معني‌داري بين ژنوتيپ‌ها از نظر صفات مورد مطالعه در دو شرايط نرمال رشد و تنش خشكي وجود داشت كه بيانگر وجود تنوع ژنتيكي بين ژنوتيپ‌هاي مورد مطالعه بود. 16 جفت نشانگر ريزماهواره در مجموع 49 آلل نشان دادند. تعداد آلل توليد شده به وسيله هر جفت آغازگر از 2 تا 6 آلل متغير بود كه ميانگين آن 3 آلل در هر لوكوس بود. محتواي اطلاعات چندشكلي (PIC) داراي دامنه‌اي از 207/0 تا 678/0 با ميانگين 462/0 بود. آغازگرهاي RM8030 وRM3302 مناسب‌ترين آغازگرها براي تشخيص ژنوتيپ‌هاي متحمل و حساس به تنش خشكي بودند و ممكن است در انتخاب به كمك نشانگر مفيد باشند. ژنوتيپ‌ها در 15 گروه هاپلوتايپي جاي گرفتند و از رقم Bala به عنوان مرجع جهت بررسي تنوع هاپلوتايپي استفاده شد. گروه هاپلوتايپي شماره 1 شامل 4 ژنوتيپ سالاري، CT6516-24-3-2، IR77298-14-1-2 و IR50 مي‌تواند جهت برنامه‌هاي اصلاحي تحمل به تنش خشكي مفيد باشد.

In order to investigate the haplotype and allelic diversity of 22 rice (Oryza sativa L.) genotypes, a factorial experiment was conducted based on RCBD with three replications under normal (no stress) and drought stress (-5 bar) conditions at seedling stage. The 16 primer pairs of SSR markers related to drought tolerance were used for genotyping. The studied traits were included root diameter, root dry weight, root number, root length, stem dry weight, stem length, genotypic score and total biomass. Analysis of variance for studied traits showed that there was a significant genetic variation among genotypes. 16 used SSR loci produced 49 alleles. The number of alleles per locus generated by each primer pair varied from 2 to 6 alleles with an average of 3. The polymorphic information content (PIC) values ranged from 0.207 to 0.678 with an average of 0.462. RM8030 and RM3302 microsatellite markers were useful for discriminating between tolerant and susceptible genotypes and therefore may be useful for marker-assisted selection. 15 haplotypes were identified among these genotypes using Bala haplotype as reference for haplotype diversity. Genotypes of haplotype group 1 including Salari, CT6516-24-3-2, IR77298-14-1-2 and IR50 genotypes can be useful for breeding programs to drought tolerance