آناليز پايداري بيان برخي از ژن هاي مرجع به منظور مطالعات بيان ژن در برنج با استفاده از Real-time PCR

Analysis of the stability of housekeeping genes expression to study the gene expression in rice using by Real-time PCR

با ابداع واكنش زنجيره‌اي پلي‌مراز در زمان واقعي تحول عظيمي در زمينه تجزيه بيان ژن در موجودات زنده ايجاد شد، چراكه يكي از روش‌هاي مناسب براي ارزيابي ميزان بيان ژن‌ها محسوب مي‌گردد. در اين روش، براي ارزيابي دقيق بيان ژن كنترل خطا بين نمونه‌ها ضروري مي‌باشد. روشي كه به صورت گسترده براي كنترل خطا مورد استفاده قرار مي‌گيرد، نرمال كردن سطوح RNA با يك ژن مرجع يا خانه‌دار مي‌باشد. اين مطالعه به منظور بررسي كارايي10 ژن خانه‌دار در گياه برنج در شرايط تنش شوري انجام شد. تيمار شوري صفر و 300 ميلي‌مولار بعد از گذشت 8 هفته از رشد گياهان اعمال گرديد. همچنين در زمان‌هاي صفر، 6، 12، 24، 48 و 72 ساعت پس از اعمال تيمار شوري، از اندام‌هاي ريشه و برگ نمونه‌گيري صورت گرفت. نتايج حاصل از تجزيه و تحليل داده‌ها با استفاده از نرم افزار geNorm نشان داد كه ژن‌هاي eIF-4a و ACT7 در بافت ريشه و ژن‌هاي GAPDH و ACT11 در بافت برگ به عنوان پايدارترين ژن‌هاي مرجع مي‌توانند در نرمال‌سازي مطالعات بيان ژن مورد استفاده قرار بگيرند. بر اساس آماره توصيفي در برنامه BestKeeper ژن eIF-4a در اندام ريشه و ژن‌هاي UBQ10 و eIF-4a در اندام برگ داراي بيشترين همبستگي با شاخص BestKeeper (به ترتيب 0/885، 0/891و 0/886) مي‌باشد. در مجموع نتايج اين تحقيق نشان داد كه ژن‌هاي eIF-4a، ACT7، UBQ10 ، GAPDH و ACT11 مي‌توانند به عنوان ژن‌هاي مرجع مناسب در گياه برنج به منظور نرمال‌سازي داده‌هاي بياني مورد استفاده قرار بگيرند.

A significant progress has been made in the expression profiling of living organism with invention of real time PCR, because this method is one of the suitable methods for evaluating the gene expressions . In this method, it is crucial to control the error observed between samples. Normalization with a housekeeping gene is widely utilized to check the errors observed among samples in this method. In the current study, expression patterns of 10 housekeeping genes under salinity stresses were evaluated. eight-week old plants were evaluated under salinity stress at concentrations of 0, 200 and 400 Mm. Leaves and roots Samples were collected from the treated plants at 0, 6, 12, 24, 48 and 72 hour post treatment. Expression analysis of the obtained data was performed via geNorm software and it was shown that the eIF-4a as well as ACT7 genes in the root tissues and GAPDH and ACT11 in the leaf tissues was constitutively expressed. Based on the results of the analysis trough Best Keeper, the eIF-4a gene (in root) and UBQ10 and eIF-4a (in leaf) showed the highest correlation with the index of BestKeeper. Thus, it was concluded that the eIF-4a, ACT7, GAPDH, UBQ10 and ACT11 genes could be considered as suitable housekeeping genes to be used in the normalization of the derived from Rice.