مقايسه مولكولي جمعيت‌هايي از Meloidogyne javanica و Meloidogyne incognita در ايران با روش PCR – RFLP

Molecular Comparison of Iranian Populations of Meloidogyne javanica and Meloidogyne incognita with PCR-RFLP

استخراج DNA از تخم و لارو سن دوم نماتد با روش فنل - كلروفرم در مورد جمعيت‌هايي از گونه‌هاي Meloidogyne javanica و Meloidogyne incognita از ايران انجام و پس از تعيين كميت و كيفيت، جهت انجام آزمون واكنش زنجيره‌اي پليمراز (PCR) مورد استفاده قرار گرفت. با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي C2F3 / 1108 (20 و 23 نوكلئوتيدي)، قسمتي از DNA ميتوكندريايي مربوط به ژن كد كننده سيتوكروم اكسيداز، تكثير و يك نوار 1/7 كيلو باز درمورد جمعيت‌هاي هر دو گونه ايجاد گرديد. قطعات تكثيري با آنزيم‌هاي محدود‌كننده AluI، DraI و HinfI برش داده شد و نتايج حاصل در ژل آگاروز مورد ارزيابي قرار گرفت. دو آنزيم محدود كننده AluI و DraI هيچ‌گونه برشي درطول قطعه DNA تكثير شده ايجاد نكردند. برش قطعه 1/7 كيلو باز با آنزيم محدود‌كننده HinfI نقوش مشخصي را براي جمعيت‌هاي M. javanica و M. incognita ايجاد نمود. در جمعيت‌هاي M. javanica قطعه 1/7 كيلو باز به دو قطعه 1/0و 0/7 كيلو باز و در جمعيت‌‌هاي M. incognita قطعه 1/7 كيلو باز به سه قطعه 1/0، 0/4 و 0/3 كيلو باز برش داده شد. اما تفاوتي بين جمعيت‌هاي مختلف هر گونه مشاهده نگرديد.

To carry out this study, total DNA was extracted from eggs and from second stage juveniles of several populations of Meloidogyne javanica and Meloidogyne incognita, using phenol / chloroform method. Following extraction, DNA was electrophoresed on 1% agarose gel to determine its quality and quantity. A specific primer pair (C2F3 / 1108 23 and 20 nucleotides, respectively) was used to discriminate M. javanica from M. incognita populations using polymerase chain reaction (PCR). Primer annealing sites were located in the 3′ portion of mitochondrial gene encoding cytochrome oxidase subunit II (COII) and in the 16S rRNA gene. Following PCR amplification, electrophoresis of amplified DNA showed 1.7 kb fragment in populations of both species. Digestion of 1.7 kb amplified product with HinfI restriction endonuclease resulted in the generation of two DNA fragments of 0.7 and 1.0 kb in M. javanica and three DNA fragments of 0.3, 0.4 and 1.0 kb in M. incognita. There were no differences in the digestion patterns among various populations of each species examined.