كلونينگ، توالي‌يابي و شناسايي چندشكلي‌هاي جايگاه ژني mhc-dab ii در ماهي فيتوفاگ

Cloning, Sequencing, and Detection of MHC-DAB II Gene Polymorphism in Silver Carp (Hypophthalmichthys molitrix

اهداف: ارزيابي و پايش مداوم تنوع ژنتيكي جمعيت هاي مختلف آبزيان پرورشي در كارگاه هاي تكثير آبزيان يكي از ضروري ترين نيازمندي ها براي حفاظت از پويايي و پايداري صنعت آبزي پروري است. هدف اين پژوهش، كلونينگ، توالي يابي و شناسايي چندشكلي هاي جايگاه ژني mhc-dab ii در ماهي فيتوفاگ بود.مواد و روش ها: در اين پژوهش تجربي، چندشكلي ژن mhc class ii beta در 138 نمونه باله ماهي فيتوفاگ پرورشي در چهار كارگاه تكثير ايران (گيلان، مازندران، گلستان، استان خوزستان) و نمونه هاي لاين وارداتي از چين مطالعه شد. با انجام واكنش زنجيره اي پليمراز، ضمن تكثير قطعه ژني hymo-dab، الگوهاي هاپلوتايپي مختلف نمونه ها با روش sscp بررسي و توالي هاي به دست آمده با clustalw2 در نرم افزار geneious 4.8.5 هم رديف و مرتب شدند و درخت فيلوژني توالي ها رسم شد.يافته ها: محصول واكنش pcr مربوط به جايگاه dab ژنوم mhc كلاس ii ماهي فيتوفاگ با وزن حدود 350جفت باز بدون باند جانبي در نمونه هاي مورد مطالعه به دست آمد كه بيانگر تكثير جايگاه ژني 1*dab2hymo-dab1*01/ در ماهي فيتوفاگ بود. بيشترين و كمترين تنوع هاپلوتايپي به ترتيب در جمعيت هاي خوزستان و مازندران مشاهده شد. ميانگين اختلاف جايگاه هاي همسان (ds) و جايگاه هاي غيرهمسان (dn) بين آلل ها به ترتيب 0/25 و 0/30 و نسبت اين دو عامل 1/2 بود. بالاترين غناي آللي در نمونه هاي وارداتي از چين (5) و كمترين غناي آللي ميان نمونه هاي مازندران (3/8) مشاهده شد. نتيجه گيري: تنوع هاپلوتايپي حاصله در ماهي فيتوفاگ به ژن 1*dab2hymo-dab1*01/ تعلق دارد و ميان گروه هاي مختلف اين گونه، بيشترين تنوع هاپلوتايپي در جمعيت خوزستان و بالاترين غناي آللي مربوط به نمونه هاي وارداتي از چين است.

Aims Continuous monitoring of aquatic genetic diversity among different populations in fish hatcheries is an essential requirement to maintain the viability and sustainability of aquaculture industry. The aim of this study was cloning, sequencing, and detection of major histocompatibility complex (MHC) class II β in silver carp. Materials & Methods In this experimental study, the polymorphism of MHC class II β in 138 species of silver carp was studied in 4 different hatcheries of Iran (Guilan, Mazandaran, Golestan, and Khuzestan provinces) in addition to an imported group from China. By polymerase chain reaction (PCR), Hymo-DAB gene amplification was performed and the different haplotypes of the samples were analyzed by single-strand conformation polymorphism (SSCP) method and the sequences obtained with ClustalW2 were matched in Geneious 4.8.5 software and the phylogeny tree of the sequences was plotted. Findings The PCR reaction of the MHC-DAB II genome of the silver carp with a weight of about 350bp without side band was obtained in the samples, indicating the amplification of t Hymo-DAB1*01/DAB2*1 gene in silver carp. The highest and lowest diversity of haplotypes was observed in populations of Khuzestan and Mazandaran. The mean difference between synonymous site (dS) and nonsynonymous site (dN) of alleles was 0.25 and 0.30, respectively, with the ratio of 1.2. The highest allelic richness was observed in samples imported from China (5) and the lowest allelic richness was among Mazandaran species (3.8). Conclusion Haplotype diversity in silver carp belongs to Hymo-DAB1*01/DAB2*1 gene and among different groups of this species, the highest haplotype diversity is in the Khuzestan population and the highest allelic richness is related to samples imported from China.