ردﻳﺎﺑﻲ ﺳﺮوﻟﻮژﻳﻜﻲ و مولكولي وﻳﺮوس S ﺳﻴﺐ‌زﻣﻴﻨﻲ (PVS) در ارقام رايج سيبزميني در استان اردبيل

Serological and molecular detection of Potato virus S (PVS) from common potato cultivars in Ardabil province

ويروس S سيب‌زميني (PVS) متعلق به جنس Carlavirus از تيره Betaflexiviridae يكي از ويروس‌هاي مهم خسارت‌زا در سيب‌زميني مي‌باشد. به منظور رديابي ويروس S سيب‌زميني، نمونه‌برداري از مزارع سيب‌زميني استان اردبيل، طي تابستان سال‌هاي 95-1394، صورت گرفت. گياهان محك در گلخانه، به منظور بررسي بيولوژيكي نمونه‌هاي برگي مشكوك به آلودگي، مايه زني شدند. نمونه‌ها با آزمون اليزا از نظر آلودگي به ويروس PVS مورد بررسي قرار گرفتند. جهت رديابي مولكولي، از روش RT-PCR با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي مربوط به ناحيه پروتئين پوششي ويروس PVS استفاده شد. توالي نوكلئوتيدي ژن پروتئين پوششي مربوط به دو جدايه از ويروس (با رس‌‍شمار MH159207 و MH159208) جدا شده از ارقام آگريا و اوشينا تعيين شد. توالي پروتئين پوششي دو جدايه با يكديگر و با 29 جدايه ديگر قابل دسترسي در بانك ژن مقايسه شد. درخت تبارزايي رسم شده نشان داد كه جدايه‌ها به دو گروه اصلي I (زيرگروه‌هاي IA وIB ) و II تقسيم ‌شدند. دو جدايه Ag-9-PVS-F و Os-11-PVS-F در زيرگروه IB همراه با جدايه‌هاي آذربايجان، كرمان، همدان و اصفهان و جدايه‌هايي از مجارستان، اوكراين، اسكاتلند و هند قرارگرفتند. هم‌رديفي توالي اسيد‌آمينه فرضي پروتئين پوششي دو جدايه مورد بررسي با شش جدايه ايراني و پنج جدايه خارجي اين ويروس بيانگر اختلاف در هشت و 25 اسيدآمينه به-ترتيب براي جدايه‌هاي Ag-9-PVS-F و Os-11-PVS-F بود. نتايج نشان‌دهنده وجود جدايه‌هاي متنوع ويروس PVS در كشور بوده و تفاوت در توالي اسيد نوكلئوتيدي و اسيد آمينه‌اي مي‌تواند حاكي از تفاوت در منشا جفرافيايي و به تبع آن نحوه و زمان ورود جدايه‌هاي ويروس به منطقه باشد.

Potato virus S (PVS) of the genus Carlavirus belongs to the Betaflexiviridae family is one of the important potato infectious viruses. To detect PVS, the suspected leaf samples were collected from potato fields in Ardabil province during summer in 2015 and 2016. To assess the biological properties, symptomatic leaves inoculated to indicator plants in the greenhouse condition. The samples were tested for PVS infection using DAS-ELISA. RT-PCR for molecular detection was done using specific primers related to the coat protein area of Potato virus S. The coat protein gene nucleotide sequences of two isolates of Potato virus S called Ag-9 and Os-11 obtained from Agria and Oceana cultivars were determined. The CP sequences of two isolates were compared with each other and with 29 other isolates of the virus. The reconstructed phylogenetic tree clustered the isolates in two main groups I (subgroups IA and IB) and II. Two Ag-9-PVS-F and Os-11-PVS-F isolates were clustered in IB subgroup along with isolates from Azarbaijan, Hamedan, Kerman and Esfahan as well as isolates from Hungary, Ukraine, Scotland and India. The putative coat protein amino acid sequence alignment of this two isolates with 6 Iranian and 5 foreigner isolates showed difference in 8 and 25 amino acids for Ag-9-PVS-F and Os-11-PVS-F isolates respectively. The results indicate that there are various PVS isolates in the country, and the difference in nucleotide and amino acid sequences may indicate differences in the geographic origin and hence the type and timing of entry of virus isolates into the region.