شناسايي مولكولي چهار ويروس مهم جنس نپوويروس از تاكستان‌هاي استان زنجان

Molecular Identification of four important nepovirus from vineyards of Zanjan province

به­ منظور بررسي وضعيت ويروس­هاي مهم متعلق به جنس نپوويروس از تاكستان­هاي استان زنجان، نمونه‌برداري در سال­هاي زراعي 95-94 به‌صورت انتخابي از گياهان داراي نشانه‌هاي مشكوك به بيماري‌هاي ويروسي انجام و در مجموع 168 نمونۀ گياهي داراي نشانه و بدون نشانه گرد‌آوري شد. استخراج آر.ان.­اي كل از بافت­هاي برگي و آوندي 57 نمونه بر اساس نشانه‌ها و مناطق نمونه‌برداري شده انجام گرفت و cDNA آن­ها ساخته‌ شد و سپس، آزمون پي ­سي ­آر توسط آغازگرهاي اختصاصي براي تكثير (افزونش) بخشي از ژنگان (ژنوم) نپوويروس‌هاي موزاييك آرابيس (Arabis mosaic virus, ArMV)، بدشكلي انگور (Grapevine deformation virus, GDeV)، برگ بادبزني انگور (Grapevine fanleaf virus, GFLV) و لكۀ حلقوي گوجه­ فرنگي (Tomato ring spot virus, ToRSV) انجام گرفت. نتايج واكنش زنجيره­اي پلمير از گوياي تكثير قطعه‌هاي مورد انتظار از ويروس‌­هاي ArMV، GDeV، GFLV و ToRSV به ترتيب از 15/7، 15/7، 10/5 و 14 درصد نمونه­ ها بود. پس از تعيين توالي، هم رديف‌سازي ترادف نوكئوتيدي قطعه‌هاي تكثير شده با ديگر توالي‌هاي موجود در بانك ژن و تحليل تبارزائي توسط برنامۀ MEGA6، با روش Neighbor-Joining انجام شد. بررسي رابطه‌هاي تبارزائي بر اساس توالي­ هاي نوكلئوتيدي نشان داد، جدايه ­هاي رديابي ­شده در اين تحقيق با جدايه ­هايي از كشورهاي مختلف هم­گروه‌اند كه در بيشتر موارد ارتباط جغرافيايي بين جدايه‌هاي رديابي شده و ديگر جدايه‌ها را نشان مي‌دهد. اين نخستين تحقيق جامع بر اساس داده­ هاي مولكولي از نپو ويروس ­هاي مهم انگور در استان زنجان و نخستين گزارش ويروس بدشكلي انگور از اين منطقه است.

To determine incidence of nepoviruses in vineyards of zanjan province, 168 symptomatic and non-symptomatic samples were collected during season growing 2014-2015. Total RNA was extracted from the 57 leaves and green shoots of selected samples and then cDNAs were synthesized. Genomic segment of Arabis mosaic virus (ArMV), Grapevine deformation virus (GDeV), Grapevine fan leaf virus (GFLV) and Tomato ring spot virus (ToRSV) was amplified by polymerase chain reaction (PCR) using specific primers. The result revealed that the expected bands were amplified at 15.7, 15.7, 10.5 and 14% of different samples belong to ArMV, GDeV, GFLV and ToRSV, respectively. Following sequencing and multiple alignment of nucleotide sequence of amplified fragments with isolates that retrieved from NCBI. Phylogenetic tree was created by MEGA6 software using Neighbour-Joining method. The result revealed that the Iranian isolates were grouped with reported isolates from different regions around the world based on geographical. This is the first comprehensive study based on molecular methods to determine grapevine nepoviruses in Zanjan province and the first report of GDeV from Zanjna based on our knowledge.