بررسي تنوع آللي و هاپلوتايپي نشانگرهاي ريزماهواره در كلزا

Assessment of haplotype and allelic diversity of SSR markers in canola

به منظور بررسي تنوع آللي و هاپلوتايپي و شناسايي نشانگرهاي آگاهي بخش خصوصيات مرفولوژيك 41 لاين و ژنوتيپ كلزا تحت شرايط تنش خشكي، از 36 نشانگر ريزماهواره اي كه با QTL هاي كنترل كننده صفات مرفولوژيك بر روي كروموزم هاي A1، C3، C5 و C6 در شرايط تنش خشكي پيوسته بودند، استفاده شد. سي و شش نشانگر مورد مطالعه، 166 نوار قابل تشخيص ايجاد كردند و 157 آلل (94/58%) آن چند شكل بودند كه نشان دهنده تنوع ژنتيكي قابل ملاحظه ي ميان لاين ها و ژنوتيپ ها بود. نتايج نشان داد كه متوسط شاخص نشانگري، تنوع ژني ني، شاخص اطلاعات شانون و تعداد آلل هاي موثر به ترتيب 1/508، 0/449 و 0/298 بود. تنوع هاپلوتايپي دو صفت وزن خشك اندام هوايي و وزن خشك كل توسط نشانگرهاي SSR مرتبط با QTL هاي متحمل به خشكي بر روي كروموزوم هاي A1، C3، C5 و C6 بررسي شد. نتايج نشان داد كه 41 لاين و ژنوتيپ كلزا به ترتيب به 9 و 5 هاپلوتايپ مختلف بر مبناي QTL وزن خشك كل، روي كروموزوم هاي A1 و C3 تقسيم شدند. هم چنين، ژنوتيپ SLM046 به عنوان رقم مرجع استفاده شد. هاپلوتايپ هايي كه با نشانگرهاي Ol12-F12، BRMS-096 و BRAS041 روي كروموزوم A1 و نشانگرهايNa10-E02 ، FITO133 و Na12-A08 بر روي كروموزوم C1 مشخص شدند، مي توانند در شناسايي ژنوتيپ هاي متحمل به كار روند و بنابراين براي انتخاب به كمك نشانگر (MAS) QTLهاي متحمل به خشكي استفاده شوند.

To study the haplotype and allelic diversity and to identify the informative markers of morphologic characteristics of 41 canola lines and genotypes under drought stress, 36 microsatellite markers linked to the QTLs located on the chromosome A1, C3, C5 and C6 controlling morphologic characteristics under drought stress were used. Thirteen seven selected primers produced 166 discernible bands, with 157 (94.58%) being polymorphic, indicating considerable genetic diversity among lines and genotypes. The results showed that average of marker index including Nei’s gene diversity, Shannon’s information index, the effective number of alleles were 1.508, 0.449 and 0.298 respectively in line and genotypes of rapeseed. The haplotype diversity was characterized with SSR markers associated using the QTLs associated with the two traits (shoot dry weight and total dry weight) on chromosome A1, C3, C5 and C6. The results showed that forty one rapeseed lines and genotypes divided into 9 and 5 different haplotypes based on total dry weight QTL located on chromosome A1 and C3, respectively using SLM046 cultivar as the reference. The haplotypes possessing Ol2-F11, BRMS-096 and BARS041 markers on chromosome A1 and Na10-E02, FITO133 and Na12-A08 markers on chromosome C1 could discriminate the tolerant genotypes and hence could be useful for marker-assisted selection of QTL associated with drought tolerance.