عنوان به زبان ديگر :
A comparison between ITS, D1/D2 LSU rDNA, tub2, and rpb2 regions to delimit Allophoma, Didymella, and Neodidymelliopsis species from the family Didymellaceae
چكيده فارسي :
در اين پژوهش، 12 سويۀ بومي و 80 سويه از گونه‌هاي شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزينش شدند و در يك تجزيه و تحليل تبارزايشي جهت هم سنجي ناحيه هاي ژني ITS، دومين D1 و D2 از زيرواحد بزرگ ژن ريبوزومي (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولين و RNA پلي‌مراز در جداسازي گونه‌ها استفاده شدند. ناحيه هاي ژني سويه‌هاي بومي با به‌كارگيري DNA استخراج‌شده از زيست‌تودۀ ميسيليومي خشك‌انجمادي شده تكثير و توالي‌يابي شدند. تجزيه و تحليل تبارزايشي با به‌كارگيري الگوريتم درست‌نمائي بيشينه انجام شد. ناحيه هاي D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتيب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونۀ مربوط به سه جنس موردبررسي را جداسازي كردند. در تجزيه و تحليل تبارزايشي تركيب ناحيه هاي ژني، همۀ توالي‌هاي تركيبي (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزديك به 49 گونه از 61 گونۀ موردبررسي را جدا كنند. نتيجه ها نشان دادند كه براي شناسايي و جداسازي دقيق گونه‌هاي Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالي‌يابي و تجزيه و تحليل تبارزايشي سه ناحيه ITS، tub2 و rpb2 در كنار بررسي‌هاي ريخت‌شناسي نيازين است. چنانچه به خاطر محدوديت‌هاي مالي يا زماني در يك پژوهش، تنها تكثير و توالي‌يابي يك ناحيه دلخواه باشد، ژنtub2 يا rpb2 بهترين نتايج را ارائه مي‌كنند.
چكيده لاتين :
In this study, 12 native strains and 80 strains from the known species of Allophoma, Didymella, and Neodidymelliopsis were
selected. The ITS, D1/D2 LSU rDNA, tub2 and rpb2 regions of the mentioned strains were compared for species
delimitation using phylogenetic analysis. The genomic regions of the native strains were amplified using DNA extracted
from freeze-dried mycelia and sequenced. The phylogenetic analysis was performed using the maximum likelihood
algorithm. The regions of the D1/D2 LSU rDNA, ITS, tub2, and rpb2 delimited 0, 20, 43, and 46 out of 61 species studied,
respectively. In the phylogenetic analysis based on combined regions, all datasets (ITS-tub2, ITS-rpb2, tub2-rpb2, ITS-tub2-
rpb2, and ITS-28S-tub2-rpb2) could delimit 49 out of the 61 species under survey. Results showed that the sequencing and
phylogenetic analysis of the ITS, tub2, and rpb2 regions in combination with morphological studies are necessary for
species delimitation of the Allophoma, Didymella and Neodidymelliopsis genera. In a single-locus phylogeny, tub2 or rpb2
genes are the best markers among the genomic regions used.
