واكاوي بيوانفورماتيكي و فيلوژني ناحيه 5`UTR ژن نوروپپتيد واي (Neuropeptide Y) و ارتباط آن با صفات توليدي در مرغ‌ بومي فارس

Bioinformatics and phylogenetic analysis for 5′ UTR region of neuropeptide Y gene and its association with body weight and egg production traits in Fars native chickens

اين پژوهش به­ منظور بررسي فيلوژني و بيوانفورماتيكي جهش تك‌نوكلئوتيدي در ناحيه 5`UTR ژن نوروپپتيد واي (Neuropeptide Y=NPY) و ارتباط آن با صفات توليد تخم ­مرغ و وزن بدن در مرغان بومي استان فارس، انجام گرفت. از 200 قطعه مرغ بومي ايستگاه پرورش و اصلاح ­نژاد مرغ بومي استان فارس خون­ گيري انجام شد. استخراج DNA با روش نمكي انجام شد. جهش تك‌نوكلئوتيدي ژن NPY با تكنيك PCR-RFLP شناسايي شد. فراواني آلل‌هاي A و B به ­ترتيب 0/46 و 0/54 برآورد شد و جمعيت مورد مطالعه در تعادل هاردي-واينبرگ نبود. واكاوي آماري نشان داد كه، بين چندريختي نوروپپتيد واي و صفات مورد مطالعه (شمار تخم ­مرغ، اولين سن تخم ­گذاري­، وزن تخم ­مرغ در 84 هفتگي و وزن بدن در 12 هفتگي) ارتباط معني­ داري وجود ندارد. همچنين، واكاوي فيلوژني نشان داد كه ناحيه توالي‌يابي­شده ژن NPY مرغ بومي فارس با اطلاعات توالي‌هاي EU447658.1 و EU447659.1 داراي بيشترين شباهت است. نكته قابل توجه در واكاوي فيلوژني، وجود ژن NPY از گونه بلدرچين بود كه مي‌تواند نشان دهنده نقش كليدي اين ژن در تنظيم فرآيندهاي فيزيولوژيك محسوب گردد.

The aim of this study was bioinformatics and phylogenetic analysis for 5′UTR region of neuropeptideY (NPY) gene and its association with body weight and egg production traits in Fars native chickens. For this porpuse 200 blood samples were collected from Fars Native chickens Breeding Center (Shamsabad station). The whole genome DNA was extracted using salting out protocol. The promotor region was amplified by PCR and SNP genotyping was performed by RFLP method. The frequencies of alleles A and B were estimated as 0.46 and 0.54, respectively. The population was deviated from H-W equilibrium. Statistical analysis indicated that there is no significant association between NPY genotypes and studied traits (egg number, age at first laying, egg weight at 84 weeks and body weight at 12 weeks). The results of phylogenetic analysis showed that the sequences of the NPY gene of Fars native chickens has the most simalirity with EU447658.1 and EU447659.1 sequence information. Interstingly, there is NPY gene of quail in phylogenetic analysis which can show the key role of NPY gene for regulating the physiological process.