ارزيابي بيوانفورماتيك و خصوصيات زير واحد بزرگ روبيسكو در برخي از ژنوتيپ هاي كاهو

هدف: كاهو يكي از قديمي‌ترين سبزي‌هاي دنياست كه منشأ آن در هندوستان و آسياي مركزي است. در اين تحقيق تنوع ژنتيكي 15 ژنوتيپ كاهو با استفاده از توالي ژن rbcl مورد بررسي قرار گرفت. مواد و روش ها: توالي 15 ژنوتيپ كاهو ابتدا با روش PCR جداسازي و سپس توالي يابي شد. كيفيت توالي‌ها با استفاده از نرم‌افزار Chromas 2.1.1 بررسي و سپس با روش ClustalW توسط نرم‌افزار MegAlign 5 هم‌رديف سازي شده و دندروگرام روابط تبار زايي و ماتريس تفاوت و تشابه توالي‌ها ترسيم گرديدند. همچنين براي مدل‌سازي و اعتبار سنجي پروتئين rbcl از SWISS-MODEL و QMEAN و ارزيابي ساختار و كيفيت شيميايي پروتئين از نقشه هاي راماچاندران و سرور Pro-SA استفاده شد. نتايج: بررسي شبكه هاي متقابل پروتئين- پروتئين با استفاده از نرم‌افزار STRING نشان داد اكثر پروتئين هاي كد شده با ژن-هاي matK، psb-tranH با پروتئين rbcl اثر متقابل دارند. نتايج حاصل از تجزيه خوشه اي، ماتريس تشابه و واريانس مولكولي و همچنين 1 dN/dS، همگي حاكي از وجود شباهت و حفاظت‌شدگي بالاي توالي rbcl بين ژنوتيپ هاي مورد مطالعه بود. نتيجه‌گيري كلي: نتايج نشان داد كه براي بررسي روابط فيلوژنتيكي در سطح گونه توالي rbcl چندان مفيد نيست لذا مي توان گفت كه يكي از علل عدم موفقيت اين ناحيه در تفكيك گونه ها، تغييرپذيري كم آن در بين گونه ها است.