مقايسه و آناليز بيوانفورماتيكي ژنوم كامل كلروپلاستي سه رقم توت فرنگي F.vesca, F.virginiana, F.chiloensis

توت فرنگي از جنس فراگاريا (Fragaria) و خانواده رزاسه (Rosaceae) ميباشد. امروزه از گونه‌هاي شيلنسيس (Chiloensis)، ويرجينيا (Virginiana) و هيبريد‌ بين اين د‌و يعني آناناس (Ananasae) استفاد‌ه زراعي مي‌شود. اين گياه علفي چندساله داراي يك ژنوم كوچك متمايل به انتقال ژن توت فرنگي كشت شده Fragaria ananasae و ديگر گياهان مهم اقتصادي از خانواده گل سرخيان است. اين تحقيق براي مطالعه و مقايسه توالي كامل كلروپلاستي، آناليز ساختار ژنومي، سازماندهي و محتواي ژن، تواليهاي تكراري و تمايل كدوني توت فرنگي جنگلي با دو رقم اكناپلوئيد كشت شده F.chiloensis وF.virginiana انجام شد. ژنوم كلروپلاستي F.vesca داراي ساختمان حفاظت‌شده چهار قسمتي با 155691 جفت‌باز طول مي‌باشد. منطقه تكرار كپي كوچك بوسيله دو منطقه تكرار معكوس جدا شده، طول منطقه تك نسخه‌اي بزرگ 85561، منطقه تك نسخه‌اي كوچك 20204 و مناطق تكرار معكوس هر دو داراي طولي معادل 24963 جفت‌باز بودند. ژنوم كلروپلاستي داراي 130 ژن بوده كه 18 ژن در منطقه تكرار معكوس قرار دارند، همچنين در ميان اين ژن‌ها هشت ژن rRNA ، 37 ژن tRNA و 85 ژن كد كننده پروتئين وجود داشت. در ميان تمام ژن‌هاي پلاستيدي تنها 18 ژن به نظر مي‌رسد داراي 21 اينترون هستند و زمانيكه با DNA كلروپلاستي دو رقم اكتاپلوئيد مقايسه مي‌شود، ژن rps18 تنها ژن مضاعف شده و ژن‌هاي rps 12 ,rpl 2 ,trn IGAU ژن‌هايي هستندكه در منطقه تكرار معكوس وجود دارند. با وجود سطح بالايي از حفاظت از نشانگر SSR ها در ژنوم كلروپلاستي، در تجزيه و تحليل تنوع ژنتيكي با توجه به بهره‌وري بيشتر خود نسبت به SSRهاي ژنومي مفيدترميباشند