تعيين توالي نوكلئوتيدي ژن F سويه واكسينالClone IR 12 ويروس نيوكاسل موسسه رازي

ويروس نيوكاسل يكي از مهم‌ترين ويروس‌هاي صنعت طيور مي‌باشد. اين ويروس با توجه به حدت سويه‌هاي مختلف، علائم كلينيكي و تلفات متفاوتي دارد. پروتئين فيوژن يكي از پروتئين‌هاي مهم اين ويروس، نقش مهمي در تعيين حدت ويروس دارد. در اين مطالعه توالي ژنومي اين پروتئين تعيين توالي گرديده است. بدين منظور واكسن كلون IR .12، كه از سويه ويروس لاسوتا به روش پلاك اسي در موسسه رازي تهيه شده بود، انتخاب گرديد. ابتدا ويروس با رقت مناسب به حفره آلانتوئيك تخم مرغ SPF داراي جنين ده روزه تزريق شد. و پس از طي زمان مناسب براي رشد ويروس، مايع آلانتوئيك آن جمع‌آوري شد. ويروس با استفاده ازسانتريفوژ دور بالاو گراديانت ساكارز به صورت مناسب تخليص شد. RNA ويروس استخراج، و قطعه cDNA از روي ژنوم ساخته شد. پرايمرهاي مناسب طراحي شد و  PCR انجام گرفت. محصول PCR استخراج گرديد. محصول استخراج در پلاسميد مناسب كلون شد. محصول كلون شده به باكتري ترانسفورم شد. باكتري حاوي پلاسميد در دماي مناسب تكثير پيدا كرد.پلاسميد به روش Sambrook استخراج گرديد. براي اطمينان از كلونينگ موفق آنزيم برشي BglII استفاده شد. پس از اين مرحله پلاسميد براي تعيين توالي به روش سنگر آماده شد. نتايج با استفاده از نرم‌افزار مگا 5 توالي ژنومي تحليل و همرديف سازي انجام گرفت  شد.در نتيجه اين مطالعه توالي ژن Fبه صورت كامل تعيين توالي، و با سويه هاي لنتوژنيك موجود در بانك ژن مقايسه و بررسي شد. در نتيجه آن توالي ژنومي در اين مطالعه با برخي توالي‌هاي بانك ژن به طور كامل همرديف هستند و با برخي توالي‌هاي ديگر در برخي نوكلئوتيد‌ها متفاوت مي‌باشد.