كنكاش ساختار، جزاير CPG، متيله شدن DNA و پروتئين‌ حاصل از ژن‌هاي كانديداي موثر بر ورم پستان در گاو شيري

زمينه مطالعاتي: متيلاسيون DNA اساساً در دي‏نوكلئوتيدهاي CpG اتفاق مي افتد و در تنظيم بيان ژني درگير مي‏باشد. در پستانداران، مشخص شده است كه بيش‎متيلاسون در جزاير CpG با پيري و بيماري‎هاي مختلف در دام مرتبط است. ميزان نيمرخ متيلاسيون ژن‌ها مي‌تواند به متخصص اصلاح نژاد كمك كند كه براي مديريت بيماريي كه اين ژن‌ها در آن درگير هستند از روش‌هاي ژنتيك يا وراژنتيك استفاده كند. هدف: كنكاش غير مستقيم متيلاسيون DNA در سطح ژن‌هاي كانديداي موثر در ورم پستان گاوشيري ]ژن‌هاي اينترلوكين‌ 1 تا 13 (به جز اينترلوكين 8 و 9)، ژن‌ TNF و ژن اينترفرون گاما (در كل 13 ژن كانديد)[ و پروتئين حاصل از اين ژن‌ها هدف اصلي پژوهش حاضر است. اميد بر آن كه بتوان ژن‌هاي درگير در اين بيماري را از نظر ميزان متيلاسيون گروه‌بندي كرد و به اهميت پديده ژنتيكي متيلاسيون ژن‌ها در مديريت بيماري ورم پستان در گاو شيري پي برد. روش كار: ويژگي‌‌هايي مثل مكان ژن، تعداد اگزون، طول كلي اكسون پيرايش يافته و حاشيه‎نويسي شده، درصد گوانين، تعداد گوانين، درصد سيتوزين، تعداد سيتوزين و طول ژن‌ها استخراج شدند. براي استخراج ويژگي‌هاي وراژنتيك ژن‌هاي مورد بررسي در اين پژوهش، از تركيبي از انواع نرم افزارهاي برخط DBCAT ، SMS و Geneinfinity و يك نرم افزار متكي به ++ C استفاده شد. بعد از استخراج ويژگي‏هاي ژني، مشاهده گرديد كه ژن‌هاي مورد بررسي از نظر اندازه، تعداد آكسون و درصد GC تفاوت زيادي با هم‌ دارند. با توجه به نوع الگوريتم استفاده شده براي شناسايي جزاير CpG، تعداد و طول جزاير CpG يافت شده متفاوت بود. CpG‌هاي پيش‏بيني شده به عنوان معياري غير مستقيم براي بررسي ميزان متيلاسيون در سطح DNA ژن‌ها به كار رفت. نتايج: نتايج نشان داد كه به طور ميانگين كمتر از 50 درصد جزاير CpG در ناحيه راه‌انداز ژن‌ها قرار داشتند و جزاير CpG متيله شده بيشتر در نواحي بين ژني توزيع شده بودند. بيشترين ميزان متيلاسيون در اينترلوكين‌هاي 1، 2 و ژن TNF مشاهده شد كه از مهم‏ترين ژن‌هاي سركوب ورم پستان به شمار مي‌روند. درجه متيلاسيون در پروتئين‌هاي حاصل از ژن‌هاي مورد بررسي، با نتايج متيلاسيون رخ داده در سطح دي‏ان‏اييِ (DNA) اين ژن‌ها همخواني و مطابقت نداشت. پروتئين حاصله از اينترلوكين‌ 11 در قسمت‌هاي زيادي از ساختار اوليه خود دچار متيلاسيون مي‌شود. در سطح DNA نيز اين ژن، بيشترين تعداد CpG را در قسمت راه‌انداز خود داشت. نتيجه‏گيري نهايي: ژن اينترلوكين‌ 11 مي‌تواند از كانديد‌هاي مناسب براي انجام آزمايش‌هاي دمتيلاسيون، تهيه داروهاي زيستي و بررسي اثر آن بر سركوب عفونت ورم پستان باشد.